dpb/doc/桃育种系统规划对照总表.md

桃育种系统 · 规划对照总表

版本：2026-07-29 新增
定位：统一三份文档（业务功能规划报告 / 分层路线图 v1.1 / 模块扩展需求规格 v2.11）的模块级映射，消除口头"指回§3/§4"。
状态约定：✅ 已落地(基础字段) ｜ ⏳ 待建(规划已定，待生成器落地) ｜ ⏳ 待灌(数据) ｜ — 引擎/端点(不建表)。2026-08-04 追加：① 统计引擎两轮 P0 已代码落地（G×E + 性状方向标注）；② 花粉档案 §3.19 落地（bre_pollen + 授粉窗口校验）；③ 选择指数升级为无性系级聚合（决策正确性，可靠加权聚合 + 自株退化 + 系级决选）；④ 配合力 GCA/SCA 支持交配设计 design_type（统计严谨：完全双列/部分双列/line×tester(NCII)/NCIII，combining.solve 按设计分支双因素模型 + 运行按设计过滤组合）；⑤ 统计严谨·MLOps 复现性（① Smith-Hazel 遗传相关改 Calo 可靠性校正 r_g=r_EBV/√(rel_i·rel_j)；② PA 落库 pa=√reliability + 批次 accuracy 真 PA；③ MLOps 溯源 data_version/input_hash/engine_version（同数据重跑哈希一致、改观测必变）；④ germplasm_id 填充（亲本级 EBV 查询可用）；⑤ 砧木字典扩列 矮化类/砧穗亲和性；⑥ 空间竞争协变量 covariate=competition（Chebyshev 邻域株数，无坐标显式报错））；⑥ 组合得失漏斗 v_combination_funnel（按组合汇总 花→果→种→苗→定植→树→入选 六级派生指标——结实率/出苗率/选择强度滚到组合层，配合力第一手证据，只读端点可查）；⑦ 分子育种「建数据能力」（§3.7 四表落地：bre_marker / bre_genotyping_dataset / bre_genotype_sample（weld 补 sample_name）/ bre_genotype_call，全量 CRUD + Excel 导入导出 + VCF 导入（marker/sample 自动建号、GT 编码、幂等）+ DNA 指纹防错（无性系混杂检测，同源不一致/异源一致两类标记））；⑧ 精修项四连发（① DUS/品种保护「数据能力（三表）」 bre_dus_descriptor/test/observation + UPOV TG/53 桃描述符种子 15 条 + 菜单 900230 真实页与 G 段按钮 900800-900808；② stage 感知 bre_trait.stage（童期/成株）驱动 BLUP/选择指数/决策预览的过滤与警示 + 批次 stage 落库；③ k-fold 交叉验证外部验证 ABLUP+GXEBLUP 双支持（sire 家系分层留出、逐折容错，bre_cv_result/fold 落库，MLOps 溯源复用）；④ 按 site EBV 公平性报告 site 系统性偏差 deviation/flagged + 排名一致性 Spearman + G×E 模式）；⑨ 六项能力完善（① MT-BLUP 遗传相关——成对双性状 REML（mtblup.solve_bivariate：y 堆叠 Var(u)=G0⊗A，Va/Ve 取单性状 REML、仅对 ρ 黄金分割求极大精确 REML），run_genetic_corr 逐对 bivariate 组装 G0 + Higham 半正定投影，落 bre_genetic_corr_result（job_type=GENCORR），Smith-Hazel 增 g_method="mtblup"（单对不收敛回退 Calo+warning、G 非正定特征值截断、g_source 落库可审计）；② GBLUP/ssGBLUP 引擎——genomic.py：VanRaden G method1/2 + MAF 过滤 + blend 岭；solve_gblup 仅基因型株、solve_ssgblup 单步法 H⁻¹=A⁻¹+0,0],[0,G⁻¹−A22⁻¹ 且 V 块用 H 协方差；run_gblup 样本 tree 直连/名称兜底、未映射+多等位跳过+warning，落 PredictionModel(GBLUP/ssGBLUP)+EBV 行；③ DUS 特异性统计检验——QN LSD（t_crit 由 fdist.f_icdf 二分反解 F(1,df)）+ PQ/QL 状态众数、必测描述符驱动建议、参照=同 trial_study 自动 + 显式覆盖、落 analysis_json + conclusion 自动建议；④ AMMI/Finlay-Wilkinson 稳定性——FW 环境指数回归 b/R²/se_b/flag_stable（完美拟合 b≈1 判稳）、AMMI 残差 SVD→IPC/ASV/ecovalence、run_stability site/year 两维、格子 <2×2→409，落 bre_stability_result；⑤ MLOps 重训+版本回滚——bre_prediction.is_active 版本链（无 active 时首批 active）、model/drift 输入哈希漂移检测（轻量 _gather_digest_inputs）、model/retrain 漂移才重训+active 转移、model/activate 回滚原语；⑥ BLUP stage 拆分——bre_trait_observation.stage 观测级发育阶段、run_ablup(stage) 按 coalesce(obs.stage,trait.stage) 过滤+model_name _{stage} 后缀+批次 stage 落库、未指定但有分歧→note 警示）；⑩ 田间试验精度补强·砧木×接穗随机互作（G×R）——rootstock 由固定哑变量升级为第三随机效应槽（run_ablup(gxr=True) → method=GXRBLUP/job_type=GXR，按 (基因型,砧木) 分组建 Z₂ 随机互作、克隆坍缩系谱与 G×E 共享、rootstock 强制移出固定效应防共线、不可辨识门禁（同基因型无跨砧木/单元内无重复/残差 df<1）→409、σ²gxr/gxr_ratio/n_cross_rootstock 落批次 note；Z₂ 单槽位 → G×E/G×R 互斥（双开 409 + 前端互斥 watcher）；求解器 _solve_gxe 加 factor_label/factor_name（G×E 警告文案逐字节不变、G×R 显「砧木」）、ENGINE_VERSION 1.2.0；G×E tab 加 G×R 复选框、批次表同显 σ²gxr）；⑪ 基因组选择（GS）实证严谨性·GBLUP/ssGBLUP 专用 k-fold 交叉验证——run_cv 加 dataset_id/method/maf_min（method=KFCV/GBLUP·KFCV/ssGBLUP），genomic.kfold_cv_genomic 掩蔽留出 GEBV vs 表型实证 pearson/RMSE（G/H/Hinv 只建一次、固定种子随机分层——GS 同世代样本无家系树，区别于 ABLUP 的 sire 家系留出）、_gather_gblup_inputs 提取（run_gblup↔GS CV 复用）、_build_h 缺失基因型补 base、ENGINE_VERSION 1.1.0、DATA_VERSION v2.11；SSR 多等位 dummy 编码留待后续）；⑫ 现代桃育种领域覆盖·S-等位基因交配兼容性 + 抗病/需冷量性状字典（① bre_germplasm.s_alleles（String32，Sf=自交亲和型）+ cross_combination create/update 兼容校验——任亲本含 Sf→放行、共享 2 个 S 等位→409「配了不结」硬门禁、共享 1 个→out.s_compat 半兼容警示；②③ bre_trait 种子 5 条 numeric（细菌性穿孔病/褐腐病/白粉病 0-5 级病情指数 + 需冷量 h + 需热量 GDD，category「抗病性」「生态适应性」，into_ebv=1、direction=asc 进选种目标——统计引擎仅消费 numeric）；④ MAS/QTL/GWAS 闭环（GWAS 引擎 GLM+PC：SVD 群体结构校正 + 逐标记单标记回归 + Bonferroni/BH-FDR + QTL 区间合并，纯 numpy 复用 fdist 零新依赖；bre_gwas_result/bre_gwas_snp/bre_qtl/bre_mas_panel/bre_mas_panel_marker 五新表；服务端 gwas/run|list|{id} + qtl CRUD + mas-panel CRUD（选标记 favorable_dose/direction/effect）；decision_preview 加 marker 条件——童期幼苗无表型/无 EBV 也可被标记辅助选入；前端 900214 GWAS/QTL 页翻转（Manhattan/QQ 裸 echarts + 运行对话框 + 三 tab）；e2e 7 段全过 + GBLUP/ssGBLUP 回归零回归，2026-08-04）；⑭ 九缺口补齐（2026-08-04，用户重扫 12 项缺口剔除 A1/A4 余 9 项拍板全做，三批独立 e2e + 回归）——批1 经典侧计算端点（纯计算不建表）：数据质量 POST /statistics/data-quality（缺失率/CV + IQR + MAD 稳健 z-score 双法异常标记）+ 遗传增益 POST /statistics/genetic-gain（ΔG=k·r_g·σ_A，k 经 Acklam 有理近似 Φ⁻¹ 纯 numpy 零 scipy）+ 主动选配 POST /statistics/mating-recommend（S-等位硬过滤 + 亲缘 A 惩罚 score=w_ebv·mid_parent_EBV−w_kin·max(0,r−threshold)，不落库）；批2 分子侧严谨性：EMMAX 混合模型 GWAS（gwas._emmax：零模型方差分量复用 genomic._profile_solve + eigh 对角化 K→V⁻¹ + 逐标记 GLS t²→fdist，method=emmax，run_gwas 后处理抽共享函数 GLM 逐字节不变）+ SSR 多等位虚拟编码（VCF 按 ALT 数定 ssr/snp、_allelic_from_gt 每等位一列、build_g_matrix 多等位 VanRaden 推广）+ QTL×E 环境互作（POST /statistics/gwas-qtl-x-e 分环境 GWAS 合并 stable/env-specific/异号 G×QTL 警示，不建表）+ MAS 面板语义（bre_mas_panel_marker.mode/favorable_allele/haplotype_group 三列 + _mas_hit_map additive/dominance/recessive/allele/haplotype 五语义）；批3 求解器核心：AR1×AR1 空间协方差（blup.solve_spatial：eN(0,σ²e·R)、R=AR1(ρ)⊗AR1(ρ) R⁻¹ 纯 numpy eigh、REML 对 (h²,ρ) 坐标上升黄金搜索、run_ablup(spatial=True)→method=AR1×AR1、与 G×E/G×R 互斥、缺坐标 409）+ 稀疏 A⁻¹+共轭梯度（_build_ainv_sparse COO + _cg_solve、n>N_SPARSE(1000) 阈值分派 solver=sparse-cg、Hutchinson k=100 估 PEV 对角 reliability 近似、稠密路径逐字节不变）。_DATA_VERSION v2.13、blup 1.3.0 / genomic 1.2.0 / gwas 1.1.0。详见 桃育种系统统计引擎实施记录.md）；⑮ 十二项真缺口补齐（2026-08-05，用户全量现状盘点收敛 12 件真缺口、剔除过时「待建」标记，拍板只补这 12 件，分三批独立 e2e + 全量回归零回归）——批1 引擎三件（solver 扩展独立路径）：ssGWAS（gwas._ssgwas：build_g_matrix 岭保正定构 G → solve_gblup 全样本 GEBV û → Wang et al. 单步 GWAS MEM 对角近似反推标记效应 ê_j=(M_j'Z'G⁻¹û)/(2Σp_j(1−p_j))、Wald t=ê/SE → fdist，共享 _finalize/_bh_qvalues/_cluster 后处理，method=ssgwas 透传+前端下拉，gwas 1.2.0）+ 全 MT-BLUP solve_multi（m 性状 y 堆叠 Var(u)=G0⊗A、EM-REML 迭代 G0+ve 单性状初始+特征值截断/Higham 投影保正定、max_iter 兜底，输出 G0 全元素+r_g 矩阵+n_iter/converged/warning，run_genetic_corr(full_mtblup=True) 一次 m 性状给完整 G0，逐对 bivariate 保活，mtblup 1.1.0）+ AR1×AR1 双参 ρ aniso（R_ij=ρ_row^|Δrow|·ρ_col^|Δcol|、ρ_row/ρ_col 交替坐标上升，run_ablup(spatial_aniso=True) → method=AR1×AR1(aniso)、note 落 rho_row/rho_col，aniso=False 与 v1 逐字节一致，blup 1.4.0）；批2 模块四件（标准 CRUD 五件套+前端+菜单翻转+文案清理）：field_operation 农事操作 900051（op_type 字典施肥/喷药/修剪/灌溉/疏果/套袋/采收 bre_dict 灌入）+ observation 通用观测 900050（EAV plot 级通用录入、obs_type numeric/text/date）+ breeding_report 育种报告 900075（CRUD + POST /report/generate 聚合 bre_prediction/bre_stability_result/bre_cv_result 结构化报告）+ analysis_dataset 分析数据集 900070（新表 bre_analysis_dataset jsonb×3 + status，「查看性状值」跳 statistics trait-values 复用既有视图）；批3 底座五件：审计切面（base_crud 三写注入 CREATE/UPDATE 字段级 diff/DELETE + 批量导入仅汇总 IMPORT 一条 + GET /bre/audit/list）+ 统一编号服务（app/utils/number_gen.py NumberGenService + bre_sequence + pg_advisory_xact_lock 原子取号，迁移 cross_combination/tree/selection_result/seedling 4 处格式保持）+ 超期预警定时任务（每日 job 按 selection_rule 扫描树 N 年未决策/花粉批次过期/seed_lot 超期 → bre_alert + GET /bre/alert/list + 前端「预警中心」）+ 备份容灾（backend/scripts/pg_backup.sh/pg_restore.sh，Temp/backup 按日期 + N 天轮转，每日 02:00 系统 job）+ BrAPI + MIAPPE 互操作（/brapi/v2 只读五端点 germplasm/observationvariables/studies/observations/miappe，BrAPI 2.x metadata+pagination+result 包裹，bre_germplasm→germplasmDbId/genus=Prunus/species=persica/subtaxa 映射）；_DATA_VERSION v2.14、gwas 1.2.0 / mtblup 1.1.0 / blup 1.4.0。详见规格 §8.24–8.26 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §十七）；⑯ 桃育种业务流全面完善（2026-08-05，用户要求「对现有功能，结合桃育种实际业务流程与需求，进行全面测试分析，并完善」，三路审计收敛 10 项真缺口，拍板全部实施 + 两裁决：导入按钮维持隐藏（23+ 页显式隐藏非缺口）/ 采收入口走农事操作（op_type=harvest 结构化产量表单，非独立模块），分三批独立 e2e + 全量回归零回归）——批A 业务数据链（A1-A6）：果实采收结构化入口（bre_field_operation 加 yield_kg/fruit_count/avg_fruit_weight/marketable_rate，op_type=harvest 树级采收同步写 bre_trait_observation 4 行、plot 级只留操作记录）+ 产量构成/物候/品质/生长量/描述性状种子 19 条（bre_yield_phenology_traits.sql：单株产量/果数/均果重/好果率/裂果率 + 盛花期/果实成熟期/落叶期 + 可溶性固形物/可滴定酸/固酸比 + 主干周长/树高/冠幅 + 果形/茸毛/离核/果皮底色/着色类型）+ 种质级观测（bre_observation.germplasm_id 描述数据入口）+ 授粉→收种→种子处理补链（seed_lot.pollination_id + seed_treatment.seed_lot_id）+ EAV 观测校验（numeric/date parse + valid_min/max 越界 + 同(tree/plot/germplasm,trait,year,date)重复 409）+ 育种阶段自动设置 + 成株性状门禁（tree stage 按 breeding_generation 推断、童期树录成株性状 409）；批B 统计算法（B1-B4）：Type-B 多环境遗传力（run_type_b_heredity 复用 mtblup.solve_bivariate 把环境当"性状"、env_dim=site/year、落 bre_type_b_result + /type-b-heredity + /type-b/{id}）+ 遗传相关 genetic 模式（correlation mode=genetic 逐对 bivariate 组装 G0，pheno 分支逐字节不变、不落库）+ 选择指数自动权重（auto_weights=True → default_h2 兜底 0.1、强制 use_h2=False、direction 翻转）+ UPGMA 层次聚类（run_cluster 纯 numpy，POST /statistics/cluster 不落库）；批C 前端（C1-C4）：观测录入增强（observation plot/站点/germplasm 过滤 + germplasm 表单、field_operation harvest 结构化表单）+ 统计可视化 ECharts（correlation 热图 + gblup 可靠性热图/趋势折线 + type-B tab + cluster 树状图）+ combination-funnel 前端入口对话框 + stage_phenotype 容器同步（通用观测/农事操作翻真实页）；_DATA_VERSION v2.15。详见规格 §8.27 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §十八）；⑰ 遗传链完整性两次修复（2026-08-05，用户先后报告「建种质断链」与「近交惩罚静默关闭」，核实确认 + 拍板落地，e2e 验证通过）——① 世代闭环修复：selection_result._promote_tree_to_clone 单株晋级到 line/regional_trial/released 建种质时同步落 bre_pedigree（child_code=品种名、dam/sire=tree.dam/sire 回退组合 female/male_parent_id、combination_id、generation、child_code 幂等）→ 晋升种质不再被统计引擎当 founder，跨世代系谱链闭合（判别点 A[T2,T3]=0→0.125、A[gT1,gA]=0.5）；② 近交惩罚「静默关闭」修复：mating_recommend 亲缘矩阵旧靠 bre_pedigree.child_code 精确字符串匹配建系谱，名称大小写/空格/代号错配即全空 → 所有配对 r=0 → kin_pen=0 → 近交规避失效且无告警；重写 _germplasm_pedigree 多源级联（① 规范化 strip+casefold 名称反查显式系谱为权威 → ② tree.germplasm_id 直连 FK 兜底（多对去重后唯一一致才采纳、歧义回退 founder）→ ③ founder；祖先 BFS 展开 + 去重，修复候选既是 child 又是祖先时系谱重复抛『系谱个体重复』崩溃）；mating_recommend 新增 kinship_status(ok/partial/none) + kinship_warning + 逐对『亲缘未解析(r 按 0 计)』旗标，绝不静默 no-op；设计红线 FK 只兜底不覆盖显式系谱（A6 回归 r=0.5 保真）。e2e 14 组断言 + 回归 A6/batch/gaps_base 零回归 + HTTP 核验新字段。详见规格 §8.28 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.5/§18.6。）；⑱ 选配「亲本 EBV」回退逻辑方法学修复（2026-08-05，用户报告 mating_recommend 旧实现对缺直接 EBV 的候选用「其子代树 EBV 均值」代表亲本育种值——① progeny-test 值非亲本自身值；② 双亲都缺时同一子代树等权计入 dam 与 sire 两侧稀释；③ 跨组合混合无区分，会误导选配排序。核实确认 + 拍板落地）——mating_recommend EBV 回退重写：direct（germplasm_id 直连亲本自身预测值）优先、有 direct 绝不被子代树值污染；回退仅当无自身值时用、显式标注「子代测验近似」并降权 0.5 参与打分（_EBV_SOURCE_FACTOR={direct:1.0,progeny:0.5,missing:0.0}，mid=(f_a·ebv_a+f_b·ebv_b)/2，回退不掩盖 direct）；双亲均缺直接值的子代树剔除（防双侧等权重复计）；记 n_progeny/n_combos 辨别跨组合；返回体加 candidate_ebv + ebv_source.coverage + 逐对旗标「亲本EBV为子代测验近似(降权0.5)」/「亲本无EBV(按0计)」——EBV 来源显式可查绝不静默降级。e2e 5 组断言 + 回归 A6/亲缘/batch/gaps_base 零回归 + HTTP 核验（真实数据 coverage={direct:0,progeny:0,missing:12}）。详见规格 §8.29 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.7。）；⑲ 数据质量报告「离群值」方向语义错位修复（2026-08-05，用户报告 §8.23 数据质量端点 IQR/MAD 把任何偏离分布的值都标「离群株」，与育种目标方向错位——正向偏离正是要选的精英单株，核实确认 + 拍板落地）——data_quality_report 方向感知分流：按 bre_trait.direction（desc/None=高值优、asc=低值优）判定 desirable_high，IQR/MAD 命中的株按偏离侧双通道分类（is_high=v>med、is_elite=is_high==desirable_high）：同向偏离 → extreme_candidates 极值候选（精英）（class=extreme_candidate）/ 反向偏离 → outliers 疑似录入错误（class=outlier，高值优的异常低值、低值优的异常高值），两表互斥；返回体加 direction + extreme_candidates + summary.n_extreme_candidates、has_warning/n_outliers 语义收紧为疑似录入错误计数；前端数据质量 tab 改双表（精英 success / 错误 danger）+ 选育方向指示 + 无误报绿色 info alert。e2e 17 株断言（精英 16.0 进 extreme_candidates/side=high、错误 2.0 进 outliers/side=low、互斥不串表）+ 回归 A6/亲缘/batch/gaps_base 零回归 + HTTP 核验（asc 裂果率 bB_DIR5668 与 desc 果重 dA_DIR5668 方向/双表/计数经真实端点正确返回，真实数据无极端值→双表空无误报）。详见规格 §8.30 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.8。）；⑳ ΔG 投影假设声明 + 工程健壮性打磨（2026-08-05，用户报告两点均非功能 bug，核实确认 + 拍板落地，e2e 验证通过）——① ΔG 投影假设显式声明：genetic_gain 旧实现 next_pheno_mean = pheno_mean ± dg 隐含「环境均值恒定」，年际气候漂移会使投影偏；属投影演示性质，返回体新增 note 假设声明（环境均值恒定、未计入年际气候漂移与栽培措施变化；ΔG=k·r_g·σ_A 仅含遗传增益分量，next_pheno_mean 为投影演示值而非实测预测），前端 gain tab info alert 展示；② 空间模型缺坐标优雅降级：run_ablup(spatial=True) 旧实现任一观测树缺 row/col 即整批 ValueError，现改为剔除缺坐标株表型（保留系谱 → EBV 仍由系谱预测）、仅全缺坐标才整批 409，剔除数显式写批次 note「缺坐标剔除N株表型(EBV由系谱预测)」、input_hash 用剔除后子集；③ numpy 工程清理：7 处函数体内重复 import numpy 收敛为模块级单次 + data_quality_report 逐株 flag 循环改 numpy 布尔掩码向量化（输出逐字节不变）。e2e spatial 降级场景（5 株含 1 缺坐标 → method=AR1×AR1/train_n=4/note 含剔除/5 株均有 EBV）+ A6 note 断言 + 回归 spatial/A6/亲缘/batch/gaps_base 五套零回归 + vue-tsc EXIT=0 + HTTP 核验（genetic-gain 返回 note、data-quality 返回 direction）。详见规格 §8.31 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.9。）；㉑ A–F 六项功能级缺口·批1 父本验证 + 近交衰退（2026-08-05，用户全模块 grep 实证 A–F 六项缺口均为「有无/深度」问题、非正确性 bug，逐项复核确认 + 拍板「全部六项分批落地」；批1 独立 e2e + 全量回归零回归）——A 父本验证（consistency 不落库）：① pollination 花粉来源一致性——_validate_pollen_parent（create/update 统一）：花粉批次声明采集父本树（pollen.male_tree_id）时授粉声明父本树须一致否则 409（含「不一致」文案），批次无采集父本（混合/外地）或授粉未声明放行不武断；② tree 显式亲本 vs 组合父母本警示——_resolve_parents 返回 (dam,sire,warning)：显式 dam/sire 偏离组合 female/male_parent 时返回体 warning「显式母本/父本与组合母本/父本不一致（以显式为准）」（双侧/单侧聚合），warning 不阻断（tree 可独立建，武断 409 误伤），schema 只读字段不落库；③ cross_combination 同质自交门禁——_check_parent_roles 中 female_parent_id==male_parent_id → 409「母本与父本同为「{名}」，自交组合请确认」（create/update 生效亲本统一，与 S-等位 409 语义一致）；C 近交衰退分析（计算端点不建表）——POST /statistics/inbreeding-depression（入参 trait_id/trait_code + year/trial_study_id 可选 + min_n=10）：blup.relationship_matrix 的 F=A_ii−1（按树，非近交树从 individuals 默认 F=0 兜底否则被排除）+ trait 树级表型 group_by(tree_id) 均值 → **纯 numpy lstsq 回归 phenotypeF**——sufficient/reason/n_obs/mean_F/max_F/direction/regression{intercept,slope,r2,t_slope,depression_rate,has_depression,interpretation}/high_inbreeding（F 降序前 10 含 tree_no/value）；has_depression=slope<0 且 t_slope≤−1.645（单侧 95% 大样本近似）；n<min_n 优雅降级 sufficient=false+reason（不 409）；前端「亲缘/近交」tab 加衰退区（trait/year + el-alert + el-descriptions + 高 F 株表，el-alert 'error' 修复 TS2322）。e2e parent_validation 10 断言（A1 不一致 409/一致放行/混合放行/update 同门禁 + A2 双侧警示/单侧仅父本/一致无警示/update 警示 + A3 create/update 同质 409）+ inbreeding_depression 4 断言（12 树 F 梯度：衰退 y=100−60F → slope≈−60/has_depression=true/前 6 高 F=自交株；无衰退 slope≈0/未检出；min_n=20 insufficient 含「12 棵」「≥20」；性状不存在 409）+ 回归 spatial/statsflow/A6/亲缘/batch/gaps_base 六套零回归 + vue-tsc EXIT=0 + HTTP 核验（真实稀疏数据 code=0/sufficient=false/n_obs=2/reason）。_DATA_VERSION v2.22。详见规格 §8.32 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.10。；㉒ A–F 六项功能级缺口·批2 GS 家系 CV + 试验设计深度（2026-08-05，批1 已落地 ㉑/v2.22；批2 = B+F，独立 e2e + 全量回归零回归）——B GS 家系 CV（深度：随机分层 → 家系阻塞折）——genomic.kfold_cv_genomic 加 split="random"|"family" + family_of：random 现有 round-robin 逐字节不变（回归零变化）；family 照 blup.kfold_cv 的 sire 家系留出模式——同家系个体同折（防亲缘泄漏高估准确度）、无家系个体自成一族、家系数<折数 k 折叠并 warning、单家系 folds=[]+warning，输出 n_families；run_cv 加 split 透传——ped_rows 已取 sire_id/male_parent_id → family_of={t{tid}: s{sire}}（sire 缺失回退组合 male_parent），note 记 split=family · n_families=N；前端 runCv 加 split 下拉 + n_families 列；F 试验设计深度（RCBD 生成 + 设计基 ANOVA）——F1 bre_trial_study_entry.block_no（weld SQL 幂等）+ POST /statistics/trial-design RCBD 生成器（按 block_count 均分到区组 + random.Random(seed) 组内随机可复现、case() 批量落库、blocks 输出、无条目 409）；F2 anova.solve_rcbd RCBD 双因素 Type I 顺序（析出 SS_block/F_block/p_block + 校正后遗传差异）+ run_anova(block=True)（method=ANOVA/H2/RCBD、<2 区组 409 提示先运行 trial-design；block=False 单因素路径逐字节不变）；前端 ANOVA tab 加「生成 RCBD 设计」工具条 + 设计区组表 + block 校正 checkbox + 区组均值。e2e trial_design 5 组断言（生成/复现/落库/block=True 区组效应/门禁）+ gs_family_cv 5 组断言（家系阻塞折 [3,6,6]/每折1家系/random 回归零变化/家系数折叠/单家系边界）+ 回归 gblup_cv/statsflow/spatial/busflow/kinship/gaps_base/molrigor 七套零回归 + vue-tsc EXIT=0 + HTTP 核验。_DATA_VERSION v2.23、genomic 1.3.0。详见规格 §8.33 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.11。）；㉓ A–F 六项功能级缺口·批3 OCS 最优贡献选择 + MABC 标记辅助回交（2026-08-05，批1/批2 已落地 ㉑/v2.22、㉒/v2.23；批3 = D+E，A–F 六项闭环收官；独立 e2e + 全量回归零回归）——共享 _candidate_ebv_map 抽取（mating_recommend 内联 EBV 解析原样提取为共享 helper：direct germplasm_id 优先 / progeny 子代均值降权 0.5 / 双亲均缺直接值子代树剔除（v2.19 双侧去重方法论随抽取原样保留，非回归）/ n_progeny·n_combos/coverage，mating 回归 14/14 零变化）；D OCS 最优贡献选择——POST /statistics/ocs（纯计算不落库）：max Σc_i·ebv_i − λ·c'Ac，s.t. Σc=n_select、c≥0（纯 numpy 欧氏投影梯度 _proj_simplex + _solve_ocs，无 scipy；A 由系谱+blup.relationship_matrix rmat 组装、对角=1、覆盖<100% → kinship_status=partial+warning）；输出 contributions（c 降序含 ebv/source/可选 n_progeny·n_combos）+ mean_ebv + avg_kinship（c'Ac）+ kinship_quad + vs_top_n（贪心 top-n 对照：mean_ebv 相当 + kinship_reduction，量化 OCS 亲缘控制价值）；门禁 n_select>候选/空候选/λ<0 409；E MABC 标记辅助回交——POST /statistics/mabc-progress（纯计算不落库）：前景选择复用 _mas_hit_map（五语义、stage 无关、童期幼苗可用）foreground_pass=命中≥阈值；背景基因组恢复率对 background 面板逐标记候选 vs 轮回亲本「纯合剂量一致」比例（_pure_homologous，杂合不计）均值=恢复率 %；回交代建议按 _BC_LADDER（F1→BC1→…→BC5→自交固定）+ _MABC_GENERATIONS：晋级下一代 / 再回交一代 / 恢复无法评估（轮回亲本缺背景基因型）补测后判定 / 前景未通过；输出 per_tree{前景命中/恢复率/bc_generation/reason} + recommended（前景通过按恢复率降序）+ summary + warning；门禁空候选/空面板/generation 非法/background_target∉(0,100]/轮回亲本不存在 409。e2e ocs 17 断言（Σc/c≥0/λ 梯度 avg_kinship 单调非增 1.0→0.5157→0.3211→0.2685/λ=0 退化=贪心/partial+warning/三 409）+ mabc 23 断言（前景 5pass+1fail/恢复复算 100·75·75·0/reason 晋级·再回交·前景未通过/recommended 恢复率降序/童期 C6/轮回亲本缺基因型 None+warning/六 409）+ 回归 molrigor/gwas/mating_kinship/mating_ebv/gblup_cv/statsflow/spatial/busflow/gaps_base/b8/prediction_rigor/audit_fix 全套零回归 + vue-tsc EXIT=0 + HTTP 核验。_DATA_VERSION v2.24。详见规格 §8.34 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.12。）；㉔ A–F 六项功能级缺口·批4 分子亲本验证 + 试验设计深度（2026-08-05，用户实证 grep 指出 genotype_call 对 mendelian/parentage 零命中 + trial_design 仅 RCBD，逐项复核确认 + 拍板「平方格子+一般循环回退」，独立 e2e + 全量回归零回归）——A 孟德尔/亲本一致性检验（GET /bre/genotype_call/mendelian/check，纯计算不落库）：子代树样本基因型 vs 声明亲本（tree.dam_id/sire_id→germplasm）逐标记 union 规则（子代等位集 ⊆ dam∪sire 并集）判兼容，单株兼容率=兼容/信息位点、rate<compat_threshold(0.98 对齐指纹)判 flag，亲本基因型跨数据集解析（同数据集优先否则全库最低 id 兜底）、双亲空→no_declared_parents/亲本声明但无 germplasm 基因型→missing_parent_genotype（不 409，数据现状）、incompatible_markers 明细（marker_id/allele/dam/sire）——填补 genotype_call 仅 fingerprint_check 的 parentage 零命中缺口；B 试验设计深度（trial_design 仅 RCBD → augmented+alpha，rcbd 路径逐字节不变）——增广 check_germplasm_ids 显式对照每区组重复（anchors、block_no 不落库）+ 新品系 rng.shuffle round-robin 均分区组落 1..block_count（对照非条目子集/无对照 409）；α-格子 block_size=k+reps=r 可选——平方 v=k² 闭式格子（rep m 直线 y≡m·x+(b−1) mod k、m=k=竖列、完全格子 r=k+1 任一对至多同块一次 λ≤1、k 素数完全平衡否则 balance_warning=True 保守告警）、非平方 v 贪心可分解构造（used_pairs 避免同块对重复+卡死复用告警）、block_no 复合编码 rep100+block 落库（探针抓出平方分支 0-based off-by-one 真 bug 已修）、校验 v%k≠0/非平方缺 k/重复数越界 409。e2e mendelian_check 8 断言（跨数据集解析/alien 等位 rate=0.8 flag/双亲空与缺基因型状态/空数据集零值）+ trial_design_ext 19 断言（增广 anchoring/平方格子 λ≤1/部分 r/非素数告警/一般贪心/四 409）+ rcbd 路径零变化 + 全套 13 套回归零回归 + vue-tsc EXIT=0 + HTTP 核验（mendelian/check 200 零值 + trial-design augmented/alpha 分派 409 + latin 非法 409）。_DATA_VERSION v2.25。详见规格 §8.36 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.14。）；㉕ 批5 区组随机效应 ABLUP + 孟德尔检验落库/隔离/进报告 + 统计引擎全量数值校验（2026-08-05，用户实证复查三项全部成立、拍板落地，独立三探针 + 27 套全量回归零回归）——N3 区组随机效应：blup.solve 加 block 参数分派 _solve_block（第二随机效应、镜像 _solve_gxe，σ²block/block_ratio/block_effects/n_blocks，ENGINE_VERSION 1.5.0）；run_ablup(block=True) → method=ABLUP-BLOCK，bre_tree.block_no 作区组（增广/α-格子不完全区组结构终于被 BLUP 消费）、缺 block_no 树降级剔表型留系谱、<2 区组 409、与 gxe/gxr（Z₂ 槽）及 spatial（残差结构）互斥 409，前端 GxE tab block 开关；N1 孟德尔检验落库 + 自动隔离 + 进报告：纯计算核心抽共享 _compute_mendelian，新 POST /bre/genotype_call/mendelian/check/run 落 bre_mendelian_check+每树子表+bre_pedigree_exclusion 隔离注册表（flag→upsert 隔离、未 flag→清除，可逆），GET 只读预览零回归；data_quality_report(dataset_id) 加 mendelian 段（flagged>0→has_warning）；系谱消费方断开隔离树亲本链（退化为 founder 表型保留：_build_pedigree/run_ablup/inbreeding_depression/kinship_matrix/run_cv/_germplasm_pedigree，GBLUP/ssGBLUP 基因型样本不受影响）；N2 统计引擎全量数值真值校验：新探针 e2e_stats_numerics_20260805.py ok=101 fail=0 逐段独立 ground-truth 对照（blup/gxe/block/spatial-aniso/gblup/ssgblup/bivariate/multi/FW/ammi/rcbd/diallel/ocs/UPGMA/ΔG/data-quality/kinship 全验证），探针自身两处 fixture 缺陷修复（低 h² 小样本 r_g 假收敛换高遗传力良态设计、B4.2 硬编码 tree_id），引擎本体零缺陷；_DATA_VERSION v2.26、blup.ENGINE_VERSION 1.5.0。详见规格 §8.37 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.15。）；㉖ 批6 规划↔目标↔试验 可追溯性闭环（2026-08-05，用户全代码库 grep 实证 bre_plan 彻底孤立根表——零传入外键、bre_trial 无 plan_id/target_id、无 project/program 表；拍板「加试验挂目标」最小双链，独立 e2e 探针 17 断言 + 全量回归零回归）——三可空 FK 双链闭合：bre_target.plan_id + bre_trial.plan_id（目标链 plan→target→cross_combination→tree）+ bre_trial.target_id（试验链 plan→trial→trial_study→tree），weld SQL 幂等、target/trial 三件套透传 + get_list 解析 plan_name/target_name；父校验（target/trial create 坏 plan_id/target_id → 409，None 跳过——孤目标/独立试验仍可建）+ 删除守卫（plan.delete 有 target/trial 子 409、target.delete 有 combo/trial 子 409）；计划可追溯端点 GET /bre/plan/trace/{id}（plan 基础 + targets[] 组合株数 + trials[] 试验点株数 + totals，软删过滤、孤目标不入链、不存在 409）；前端 target/trial 「所属计划/目标」select + plan 页「追溯」弹窗。验证：e2e_plan_trace_20260805.py 17 断言全过 + 全量回归零回归（含审计切面残留检查限定 entity_type 根治跨表撞 id 误报）+ vue-tsc EXIT=0 + HTTP 核验；_DATA_VERSION v2.27。详见规格 §8.38 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.16。）；㉗ 批7 统计引擎全量十模块 golden 复查·系谱键空间错位修复（2026-08-05，用户质疑 GBLUP/ssGBLUP、genetic_corr、type_b、cluster、stability、OCS、MABC、inbreeding_depression、trial_design、mendelian 十新建模块缺逐模块数值校验（golden-test 缺失）、历史上 G–L 静默失效都靠校验暴露，拍板「全量十项逐一复查」）——复查确认 8/10 已 golden（GBLUP/ssGBLUP、cluster、stability、OCS、MABC、inbreeding_depression、trial_design、mendelian 既有探针已具严格数值断言），type_b 与 genetic_corr 补齐 golden 缺口——审计深处暴露系谱键空间错位真 bug：run_type_b_heredity/correlation_matrix(mtblup)/run_genetic_corr 四个服务路径把 int tree_id 表型键传给 mtblup.solve_bivariate，而 _build_pedigree 系谱用 str "t{id}"，blup.solve 把系谱外个体自动并入 base（无关 founder）→ 系谱被静默丢弃（平衡数据同株跨环境掩盖；分裂家系数据无同株跨环境、靠全同胞链桥接暴露——int 键 → r_B/r_g 锁死 ±0.99 平剖面端点假收敛假阴性）。修复：共享 helper _tree_individual_keys（int→"t{id}" 对齐系谱键空间）收口四个调用点（_genetic_corr_matrix/_smith_hazel_index mtblup 分支/run_genetic_corr/run_type_b_heredity），run_ablup 早已正确不受影响。新探针 e2e_rg_golden_20260805.py ok=21 fail=0（20 founder×10 全同胞家系×3 同胞=30 株、3 站点、高遗传力 h²≈0.89：P0 诊断 str 键恢复 r_B=0.7+/int 键锁死 −0.99；P1 type_b 分裂家系 r_B(1,2)>0.5 + n_common=0（无共有树、系谱桥接生效直接证据）；P2 correlation 平衡 r_g(A,B)>0.65/AC,BC<0.4/判别间隙>0.3/h²∈(0,1)；P2b 分裂家系 discriminator r_g(S1,S2)>0.5）。验证：e2e_statsflow（单家系 fixture 对键 bug 不敏感 15 断言零变化）+ e2e_advanced_mtblup 回归通过 + 全量回归零回归（60 套件，含版本断言同步）+ vue-tsc EXIT=0 + 后端重启 HTTP 核验（type-b-heredity / genetic-corr/run 分裂家系判别经真实端点）+ 备份镜像 Temp/claude/backup_keyspace_20260805/；_DATA_VERSION v2.28。详见规格 §8.39 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.17；㉘ 回归基建：统一回归 + 高风险模块正式 tc 套件（2026-08-05，用户三点质疑——tc 零覆盖分析模块 / 批7 无 golden / 新模块算偏当正常输出（G/I 静默失效同款隐患）——核实全部成立，拍板「两者都要」；纯测试基建不 bump 版本）——run_regression.py（仓库根）顺序串跑 Temp/claude/e2e_*.py + backend/scripts/test_bre_analysis_*_tc.py = 63 测试、每测试独立子进程 log 到 regression_logs/、EXIT 汇总、DPB_PYTHON 覆盖解释器、utf-8 防 GBK；4 个正式 tc 套件（TestClient 真实 API + golden 数值断言，高风险模块必测）：test_bre_analysis_ssgblup_tc.py ok=14（非基因型株 GBLUP EBV=0 / ssGBLUP EBV≠0——H⁻¹ 拼接判别）、test_bre_analysis_ocs_tc.py ok=23（投影梯度收敛/λ 单调/c'Ac/λ=0 退化）、test_bre_analysis_mabc_tc.py ok=24（前景/背景恢复率/晋级/童期）、test_bre_analysis_mendelian_tc.py ok=9（POST run 落库 + 隔离注册表 + 阈值 0.0 可逆）；教训：HTTP schema 校验 → 422 / 服务层 CustomException → 409、tc 须显式 import UserModel、隔离断言时序、启动残留预清理 _wipe。全量回归 58/59（gaps_engines 批量卡死单跑 RC=0 确认）；备份镜像 Temp/claude/backup_test_rigor_20260805/；交付流程：改统计引擎/业务链后端后跑 python run_regression.py 全量 EXIT=0。详见规格 §8.40 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.18。）；㉙ 回归基建 2：分析模块 tc 补齐（5 套）+ pytest 接入 + 本机 CI stage（2026-08-05，用户对 4 套 tc 认可后拍板补齐 genetic_corr/type_b_heredity/inbreeding_depression/trial_design/run_stability 五个静默失效风险较低模块，v8 验收标准定为「CI 跑通 pytest 全绿」；纯测试基建不 bump 版本，_DATA_VERSION 保持 v2.28）——补 5 套正式 tc（backend/scripts/test_bre_analysis_{genetic_corr,type_b,inbreeding,trial_design,stability}_tc.py，TestClient 真实 API + -X utf8 + _wipe() 残留预清理）：genetic_corr ok=19（平衡 3 性状 r_g(AB)>0.65/间隙>0.3 + 分裂家系判别 r_g(S1,S2)>0.5 且 n_common=0，独立种子 SEED_S=3）、type_b ok=18（3 站点分裂家系 r_B>0.5 且 n_common=0，复刻 tY-first rng 序→0.990）、inbreeding ok=44（方向感知：衰退 slope<−40/无衰退/上升 slope>30 + deep 系谱 F=0.125 + min_n insufficient）、trial_design ok=25（增广对照 block_no=None 不落库 + α-格子平方 λ≤1/非素数告警/一般贪心 + **block_no=rep100+block DB 读回** + 四 409）、stability ok=16（FW b≈2/1/0 + flag_stable C1=True + AMMI ASV rank + engine_version 落库）；pytest 接入——backend/tests/test_stat_analysis_tc.py 9 套 @pytest.mark.pg + subprocess 串跑真实脚本、skipif 探测真实 PG16+Redis（protocol=2——redis-py 7.x 默认 RESP3 对老 WSL redis-server 报 ResponseError，与 app redis_connect 对齐）、env 显式构建剥 conftest 污染解析 .env.dev 可 TC_CI* 覆盖；pyproject 注册 pg marker、conftest collect_ignore_glob 排除 scripts；本机 CI stage run_ci.py（仓库根，step 0 探测 PG+Redis 失败指引 / step 1 pytest -m pg / step 2 EXIT=0「CI 全绿」，日志 Temp/claude/ci_logs/；不做 GitHub Actions——全工程无 git 仓库）；验证 5 套 EXIT=0（122 断言）+ pytest -m pg 9 passed（146s）+ skipif 9 skipped 不红 + run_ci EXIT=0 + run_regression glob 自动纳入；备份镜像 Temp/claude/backup_analysis_tc2_20260805/；交付流程：v8 验收 = python run_ci.py EXIT=0。详见规格 §8.41 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.19。）；㉚ O2–O4 统计方法学广度（2026-08-05，用户系统核对统计引擎能力后确认三项 P2 方法学缺口——幼年–成年遗传相关 / 非线性基因组预测 / 约束选择指数，均零命中、不影响当前业务正确性属方法库广度，拍板「O2–O4 先落地」+ 两决策：① O4 用经典 Kempthorne–Nordskog =0 闭式解（纯 numpy 不迭代）② 前后端同步扩展；_DATA_VERSION v2.28 → v2.29、genomic 1.4.0，无新表）——O2 幼年–成年遗传相关：_values_by_tree_env 加 env_dim=stage 分支（coalesce(obs.stage, TraitModel.stage) 分组）+ run_type_b_heredity env_dim 校验扩 stage——发育阶段当"环境"逐对 mtblup.solve_bivariate REML 精确估 r_g（>0.5 表示童期可借力成株、早期间接选择有效），复用 bre_type_b_result 不建表，前端 Type-B 下拉加 stage；O3 非线性基因组预测：genomic.py 1.4.0 加 solve_rrblup（岭回归逐标记 u=(Xc'Xc+λI)⁻¹Xc'yc，与 GBLUP 数学对偶（同数据 EBV 逐位吻合）、输出 marker effects）+ solve_bayesb（BayesB Gibbs 可变选择 δ_jBernoulli(1−π)、确定性 seed 可复现）+ kfold_cv_genomic dosage 分派 rrblup/bayesb（实证 CV）；run_gblup method 扩 rrblup/bayesb + seed 透传落 PredictionModel(method=RRBLUP/BayesB)+EBV 行、run_cv GS 分支 KFCV/RRBLUP·KFCV/BayesB；O4 约束选择指数：_smith_hazel_index 加 restricted（Kempthorne-Nordskog Lagrange 闭式投影 b=P⁻¹·G·(I−M)·a、M=C'(C·G·P⁻¹·G·C')⁻¹·C·G·P⁻¹·G → 受限性状 ΔG=0；对照旧公式 M=C'(C·P⁻¹·C')⁻¹·C·P⁻¹ 实测 ΔG=4.46 不满足证明修正必要）+ economic_weights（绝对尺度不归一化、可与 restricted 叠加、asc 翻转），method 校验扩 zsum/smith_hazel/restricted、落库 SI_RES；顺手修复 tc 暴露的既有缺口：cv_detail 折明细缺 cv_result_id → 任意 GET /cv/{id} 400（既有 tc 未触达静默失效）——补上可查；验证：e2e 探针 19 断言（对偶逐位 1.42e-13 / BayesB 可复现 / 受限 ΔG=0 机器精度 −8.88e-16 / O2 真实 PG r_g=0.6145）+ 正式 tc 第 10 套 test_bre_analysis_o234_tc.py ok=41 fail=0（r_g=0.8995 / bayesb 同 seed 两次 EBV 逐位一致 / rrblup·GBLUP EBV 相关 1.000 / b_受限=0.0 / economic desc>0·asc<0 / 三 409）+ 全量回归零回归 + run_ci.py EXIT=0；备份镜像 Temp/claude/backup_o234_20260805/。详见规格 §8.42 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.20。；㉛ O1 花期数据消费补强（2026-08-06，用户系统核对花期字段零消费——bre_germplasm.flowering_period 等从未被任何统计/决策逻辑消费，核实确认 + 定性 P1 数据消费补强 + 辅助信息（非 S-allele 级硬错误防呆），拍板三档位落地；_DATA_VERSION v2.29 → v2.30，无新表）——① 花期数据建模升级（结构化区间，前置）：bre_germplasm 加双 Date 列 bloom_start_date/bloom_end_date（weld SQL 幂等 + COMMENT），flowering_period 5 档字典保留作粗粒度 fallback；model/schema/service（Excel 导入导出/模板 header 同步）+ 前端 germplasm 表单改两个独立 date 字段直绑（useCrudForm 无提交前 transform → 弃 daterange，与 acquisition_date 同模式零转换）——花期字段首次被消费；② mating_recommend 花期重叠软警示（不硬阻断）：_bloom_overlap（结构化区间月日年际比较 _md() 取 tm_yday 优先；缺区间 fallback 5 档 _BLOOM_TIER_ORDER 相邻/同档视为重叠）四态——overlap（重叠可同期授粉，不进 flags[] 不阻断）/ store（父本先开花需采粉贮藏）/ offset（母本先开花注意柱头可授期）/ unknown（缺花期数据提示补录），pairs 加 bloom_status/bloom_msg、非重叠三态追加 flags[]（前端红色 tag）；③ 授粉窗口规划消费 bre_pollen：新端点 GET /bre/pollen/window-plan?window_start=&window_end=（window_plan 服务方法，窗口反向 409）——花期种质 _project_bloom 结构化区间按年际月日投影到窗口起始年（3-4 月单年窗口假设）、缺区间 fallback _BLOOM_TIER_SPAN 5 档代表区间并标注「粗粒度」；窗口覆盖三态 covered（整段有批次 collect≤bs and expiry≥be）/partial/none（n_need_pollen 计 none）；库存五态 full/expiring（窗口内到期）/entering（窗口内采集）/expired（窗口前失效）/not_started；前端花粉页「授粉窗口规划」卡（daterange + 生成 + 缺粉 alert + 花期覆盖表 + 库存状态表，默认 03-0104-30）。验证：e2e 探针 e2e_o1_bloom_20260805.py 4 段全断言（花期建模双 Date 落库 / 6 种质 15 对四态（区间三类 + 档位 store + 混合对 unknown）/ 窗口覆盖三态 + 档位投影 + 缺粉集合 / 库存五态 / 反向 409）+ vue-tsc EXIT=0 + 全量回归零回归 + run_ci.py EXIT=0 + HTTP 核验；备份镜像 Temp/claude/backup_o1_bloom_20260805/。详见规格 §8.43 / 桃育种系统统计引擎实施记录.md §18.22。

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一、主表：模块 ↔ 层 ↔ 规格 ↔ SOP ↔ 一期 ↔ 数据表 ↔ 状态

模块	层	规格章节(v2.7)	报告SOP阶段	一期	数据表	状态
种质资源	L1	§4 germplasm	阶段1	是	breeding_germplasm	✅落地(基础+s_alleles S-等位基因，Sf=自交亲和型，2026-08-04)
性状字典	L1	§3.1	阶段6 表型	是	breeding_trait	✅落地(基础+direction/into_ebv/default_h2+抗病/需冷量 5 条 numeric 种子：细菌性穿孔病/褐腐病/白粉病 0-5 级病情指数 + 需冷量 h + 需热量 GDD，into_ebv=1 进选种目标，2026-08-04；产量构成/物候/品质/生长量/描述性状种子 19 条：单株产量/果数/均果重/好果率/裂果率 + 盛花期/果实成熟期/落叶期 + 可溶性固形物/可滴定酸/固酸比 + 主干周长/树高/冠幅 + 果形/茸毛/离核/果皮底色/着色类型，2026-08-05)
砧木字典	L1	—	阶段6 表型	是	breeding_rootstock	✅落地(矮化类/砧穗亲和性；G×R 随机互作 rootstock 由固定哑变量升随机效应槽，2026-08-04)
选择规则	L1	§3.11	阶段7 评价	是	breeding_selection_rule	✅落地(方向感知 conditions_json)
试验基地	L1	§4 site	阶段5	是	breeding_site	✅落地(基础)
试验地块	L1	—	阶段5	是	breeding_plot	✅落地
育种人员	L1	—	全程	是	breeding_personnel	✅落地
育种目标	L1	—	阶段1	是	breeding_target	✅落地
系谱链（pedigree）	L1	§3.18	阶段1	是	breeding_pedigree	✅落地(独立系谱表，dam/sire 递归闭环，clone+germplasm 统一覆盖，A 矩阵唯一权威，2026-08-04；mating_recommend 亲缘矩阵多源解析——显式系谱规范化名称反查权威 + tree.germplasm_id 直连 FK 兜底（唯一一致）+ BFS 祖先展开去重，kinship_status/warning 显式告警，2026-08-05)
杂交组合	L2	§4 cross_combination	阶段2	是	breeding_cross_combination	✅落地(基础+S-等位基因交配兼容性校验：任亲本含 Sf→放行、共享 2 个→409「配了不结」硬门禁、共享 1 个→s_compat 半兼容警示，2026-08-04；同质自交门禁：female==male → 409「自交组合请确认」（create/update 生效亲本统一，A3），2026-08-05)
授粉管理	L2	§4 pollination（含 §3.19 关联）	阶段2	是	breeding_pollination	✅落地(基础+pollen_lot_id/授粉方式/窗口校验，2026-08-04；花粉来源父本一致性：批次采集父本≠授粉声明父本→409（混合/外地批次放行，A1），2026-08-05)
花粉档案	L2	§3.19	阶段2	是	breeding_pollen	✅落地(采集/贮藏/活力/有效期+available_lots，2026-08-04；pollination 来源一致性消费 male_tree_id，2026-08-05)
种子处理	L2	—	阶段3	是	breeding_seed_treatment	✅落地(基础+seed_lot_id 关联补链（收种→种子处理，A4），2026-08-05)
种子批库存	L2	§3.13	阶段3	是	breeding_seed_lot	✅落地(基础+超期预警接入+pollination_id 关联补链（授粉→收种，A4），2026-08-05)
育苗管理	L2	§4 seedling	阶段4	是	breeding_seedling	✅落地(基础)
定植管理	L2	§4 planting	阶段5	是	breeding_planting	✅落地(基础)
单株评价	L2	§4 tree_evaluation	阶段6	是	breeding_tree_evaluation	✅落地(基础)
育种单株	L2	§4 tree	阶段6	是	breeding_tree	✅落地(基础+stage 自动设置（create 按 breeding_generation 推断 juvenile/evaluation，A6），2026-08-05；显式亲本 vs 组合父母本警示：显式 dam/sire 偏离组合时返回体 warning「以显式为准」（不阻断，A2），2026-08-05)
单株照片	L2	—	阶段6	是	breeding_tree_photo	✅落地
扩展观测(EAV)	L2	§3.2	阶段6	是	breeding_observation	✅落地(EAV 通用录入可挂 plot 级、obs_type numeric/text/date，900050；germplasm 级观测（bre_observation.germplasm_id 描述性数据入口，A3）+EAV 校验（numeric/date parse、valid_min/max 越界、同键重复 409，A5），2026-08-05)
农事操作	L2	§3.3	阶段6	是	breeding_field_operation	✅落地(op_type 字典施肥/喷药/修剪/灌溉/疏果/套袋/采收，900051；采收结构化入口 op_type=harvest 产量表单 yield_kg/fruit_count/avg_fruit_weight/marketable_rate，树级采收同步写统计性状观测、plot 级只留操作记录，A1，2026-08-05)
选育结果	L2	§4 selection_result	阶段7	是	breeding_selection_result	✅落地(基础；晋级同步落系谱——单株晋级 line/regional_trial/released 建种质时自动写 bre_pedigree（tree.dam/sire 回退组合亲本），跨代系谱链闭合，2026-08-05)
克隆扩繁	L2	§3.8	阶段8	是	breeding_propagation	✅落地
分组/标签	L2	§3.5	阶段8	否(二期)	breeding_group / member	✅落地(2026-08-05)
DUS/品种保护	L2	§8.17 台账	阶段9	否	breeding_dus_descriptor / breeding_dus_test / breeding_dus_observation	✅落地(数据能力三表 + UPOV TG/53 描述符种子，2026-08-04)
区域试验/登记	L2	—	阶段10	否	(target 关联)	⏳待建
MET 试验结构	L3	§3.4	阶段5	否(二期)	breeding_trial / trial_study / study_entry	✅落地(trial/trial_study/trial_study_entry 全模块，2026-08-05；RCBD 试验设计深度——POST /statistics/trial-design 按 block_count 均分 entry 到区组 + random.Random(seed) 组内随机可复现、bre_trial_study_entry.block_no 落库；run_anova(block=True) 设计基 ANOVA 析出区组效应 SS_block/F_block/p_block（method=ANOVA/H2/RCBD），A–F 六缺口·批2，v2.23，2026-08-05；增广/α-格子设计深度——augmented 对照 anchoring（check_germplasm_ids 每区组重复、block_no 不落库）+ 新品系 round-robin 均分区组；alpha 平方闭式格子（v=k² 直线构造、完全格子 r=k+1、k 素数完全平衡否则 balance_warning 保守告警）/ 一般 v 贪心可分解回退，block_no=rep*100+block 复合编码，A–F 六缺口·批4，v2.25，2026-08-05)
环境因子(G×E)	L3	§3.9	全程	否(二期)	breeding_environment_condition	✅落地(2026-08-05)
统一性状值视图	L3	§4 末尾	阶段6	是(视图)	v_trait_value	✅落地(v_trait_value + /statistics/trait-values 长表查询，2026-08-04)
描述统计 / ANOVA	L3	§5 3.6–3.8	—	是(地基)	(引擎)	✅落地(/describe 描述统计 + /anova/run ANOVA+H²，纯 numpy 零 R，2026-08-04)
配合力 GCA/SCA	L3	§5 3.9	—	是(一期2个)	(引擎 + prediction)	✅落地(交配设计 design_type)
育种值 EBV/ABLUP	L3	§3.12 / §5 3.10	—	是(一期2个)	breeding_prediction / breeding_prediction_value	✅落地(ABLUP+GXEBLUP+G×E，2026-08-03；PA 落库+MLOps 溯源 data_version/input_hash/engine_version+germplasm_id 填充+空间竞争协变量 covariate=competition+stage 感知（童期/成株过滤与警示、批次 stage 落库）+k-fold CV 外部验证（ABLUP/GXEBLUP 双支持，sire 家系分层留出，bre_cv_result/fold 落库）+MT-BLUP 成对双性状遗传相关+GBLUP/ssGBLUP 基因组选择引擎+AMMI/Finlay-Wilkinson 稳定性+BLUP stage 拆分（观测级 stage 过滤，model_name _{stage} 后缀）+MLOps 重训/版本回滚（is_active 版本链 + drift/retrain/activate 端点）+G×R 砧木×接穗随机互作（method=GXRBLUP，rootstock 升级第三随机效应槽、与 G×E 互斥、σ²gxr 落 note，2026-08-04）+GS 专用 k-fold 交叉验证（GBLUP/ssGBLUP 掩蔽留出 GEBV vs 表型实证 pearson，method=KFCV/GBLUP·KFCV/ssGBLUP，固定种子随机分层、G/H/Hinv 只建一次，genomic.kfold_cv_genomic，2026-08-04）+AR1×AR1 空间协方差（run_ablup(spatial=True) → method=AR1×AR1/model_name=SPATIAL_*，eN(0,σ²e·R) R=AR1(ρ)⊗AR1(ρ) 纯 numpy eigh 求 R⁻¹、REML 对 (h²,ρ) 坐标上升黄金搜索、与 G×E/G×R 互斥、缺 row/col 坐标 409，blup 1.3.0，2026-08-04）+稀疏 A⁻¹+共轭梯度（n>N_SPARSE(1000) 阈值分派 solver=sparse-cg、_build_ainv_sparse COO + _cg_solve + Hutchinson k=100 可靠性近似、稠密路径零变化，2026-08-04）+经典侧计算端点（数据质量 data-quality IQR+MAD 异常诊断 / 遗传增益 genetic-gain ΔG=k·r_g·σ_A 逐轮投影 / 主动选配 mating-recommend S-等位硬过滤+亲缘惩罚，纯计算不建表，2026-08-04；EBV 来源置信修复——direct 亲本自身值优先、缺直接值回退「子代测验近似」显式标注+降权 0.5、双亲均缺的子代树剔除防双侧等权重复计、candidate_ebv/coverage/逐对旗标显式可查，2026-08-05；离群值方向语义修复——IQR/MAD 偏离株按 bre_trait.direction 双通道分流：同向偏离→extreme_candidates 极值候选（精英）/ 反向偏离→outliers 疑似录入错误（高值优的异常低值、低值优的异常高值），返回体加 direction/extreme_candidates/summary.n_extreme_candidates、outliers 只含反向株、前端双表+方向指示，2026-08-05）+Type-B 多环境遗传力（run_type_b_heredity：mtblup.solve_bivariate 把环境当"性状"逐对精确 REML、env_dim=site/year、落 bre_type_b_result、POST /statistics/type-b-heredity + GET /type-b/{id}）+遗传相关 genetic 模式（correlation mode=genetic 逐对 bivariate 组装 G0、pheno 分支逐字节不变、不落库）+UPGMA 层次聚类（POST /statistics/cluster 纯 numpy、输出 clusters/merges/order、不落库），2026-08-05）+近交衰退分析（POST /statistics/inbreeding-depression：relationship_matrix 的 F=A_ii−1（非近交树 F=0 兜底）+ trait 树级表型均值 → numpy lstsq 回归 phenotypeF——slope/r2/t_slope/depression_rate/has_depression/interpretation + high_inbreeding 高 F 株清单（前 10），n<min_n 优雅降级 sufficient=false 不 409，_DATA_VERSION v2.22，A–F 六缺口·批1，2026-08-05)+GS 家系阻塞折 CV（genomic.kfold_cv_genomic 加 split="family" + family_of：同家系个体同折防亲缘泄漏高估准确度、无家系个体自成一族、家系数<折数折叠并 warning、单家系边界、输出 n_families；run_cv 加 split 透传——family_of 由树 sire（回退组合 male_parent）构建，note 记 split=family·n_families；random 路径逐字节不变，A–F 六缺口·批2，_DATA_VERSION v2.23，2026-08-05)+OCS 最优贡献选择（POST /statistics/ocs：max Σc·ebv − λ·c'Ac 投影梯度求解，n_select/λ 权衡、vs_top_n 贪心对照量化亲缘控制价值、kinship_status 显式告警，EBV 复用共享 _candidate_ebv_map、纯计算不落库，A–F 六缺口·批3）+MABC 标记辅助回交（POST /statistics/mabc-progress：前景 MAS 命中+背景纯合剂量一致恢复率+_BC_LADDER 回交代建议、recommended 恢复率降序、童期幼苗可筛，A–F 六缺口·批3，_DATA_VERSION v2.24，2026-08-05)+区组随机效应 ABLUP（run_ablup(block=True) → method=ABLUP-BLOCK：bre_tree.block_no（增广/α-格子已落库的不完全区组结构）作第二随机效应 _solve_block（镜像 _solve_gxe，σ²block/block_ratio/n_blocks 落 note、PEV 可靠性）、缺 block_no 树降级剔表型留系谱、<2 区组 409、与 gxe/gxr（Z₂ 槽）及 spatial（残差结构）互斥 409、blup 1.5.0，批5）+统计引擎全量数值真值校验（e2e_stats_numerics_20260805.py ok=101 fail=0：blup/gxe/block/spatial-aniso/gblup/ssgblup/bivariate/multi/FW/ammi/rcbd/diallel/ocs/UPGMA/ΔG/data-quality/kinship 逐段独立 ground-truth 对照，探针 fixture 两处缺陷修复、引擎本体零缺陷，批5，_DATA_VERSION v2.26，2026-08-05)
遗传力 h²/H²	L3	§5 3.11	—	否	(引擎)	✅落地(随BLUP批次落主表，2026-08-03)
选择指数	L3	§5 3.15	—	否	(引擎)	✅落地(zsum+smith_hazel，方向翻转+default_h2兜底；无性系级聚合 aggregate=clone 可靠加权+自株退化+系级决选；Smith-Hazel 遗传相关 g_method=calo(可靠性校正 r_g=r_EBV/√(rel_i·rel_j))｜mtblup(成对双性状 BLUP，G 非对角用 bivariate REML，单对失败回退 Calo+warning)+g_corr/g_note/g_source 落库可审计，2026-08-04；自动权重 auto_weights=True → default_h2 兜底 0.1、强制 use_h2=False 防双重相乘、direction 翻转、weights_json 记 __auto，B3，2026-08-05)
选择强度链 / 组合得失漏斗	L3	§3.13	—	否	seed_lot 计数	✅落地(组合得失漏斗 v_combination_funnel：花→果→种→苗→定植→树→入选六级派生指标 结实率/出苗率/选择强度，只读端点，2026-08-04；前端入口 statistics 页「组合得失漏斗」对话框，C3，2026-08-05)
育种报告	L3	§3.6	—	否	breeding_report	✅落地(CRUD + POST /report/generate 聚合预测/稳定性/CV，900075，2026-08-05)
分析数据集	L3	—	—	否	breeding_analysis_dataset	✅落地(trait_codes/sample_ids/config jsonb + status，900070，2026-08-05)
超期预警	L0	—	全程	否	breeding_alert	✅落地(每日 job 按 selection_rule 扫描树超期/花粉过期/种子超期 → bre_alert + /bre/alert/list + 前端预警中心，2026-08-05)
审计切面	L0	§3.10	全程	是(切面)	breeding_audit_log	✅落地(base_crud 三写注入 CREATE/UPDATE 字段级 diff/DELETE + 批量导入汇总，/bre/audit/list，2026-08-05)
互操作 BrAPI	L0	原则7/§6	—	否	(只读端点/不建表)	✅落地(/brapi/v2 germplasm/observationvariables/studies/observations，2026-08-05)
互操作 MIAPPE	L0	原则6	—	否	(元数据模板/不建表)	✅落地(/brapi/v2/miappe 模板导出，2026-08-05)
统一编号服务	L0	§3.10	全程	是	breeding_sequence	✅落地(NumberGenService + pg_advisory_xact_lock 原子取号，4 处迁移 YY+3位/组合-序号/clone_code/batch_no，2026-08-05)
备份容灾	L0	—	全程	是	(脚本+每日 02:00 job)	✅落地(pg_backup.sh/pg_restore.sh，Temp/backup 按日期 + N 天轮转，2026-08-05)
分子标记	L4-2	§3.7	—	否(V2.0)	breeding_marker	✅落地(CRUD+Excel，2026-08-04)
基因型数据集	L4-2	§3.7	—	否	breeding_genotyping_dataset	✅落地(CRUD+Excel，2026-08-04)
基因型样品	L4-2	§3.7	—	否	breeding_genotype_sample	✅落地(CRUD+Excel，2026-08-04)
基因型调用	L4-2	§3.7	—	否	breeding_genotype_call	✅落地(CRUD+VCF+指纹，2026-08-04；孟德尔/亲本一致性检验——GET /genotype_call/mendelian/check：子代树样本 vs 声明亲本（tree.dam_id/sire_id）逐标记 union 规则判兼容、rate<0.98 判 flag、亲本基因型跨数据集解析、双亲空/缺基因型归状态不 409、incompatible_markers 明细，填补 parentage 零命中，A–F 六缺口·批4，v2.25，2026-08-05；落库+自动隔离+进报告——POST /genotype_call/mendelian/check/run 落 bre_mendelian_check+每树子表+bre_pedigree_exclusion 隔离注册表（flag→隔离、未 flag→清除可逆），data_quality_report(dataset_id) 含 mendelian 段，系谱消费方断开隔离树亲本链退化为 founder，GET 只读预览零回归，批5，v2.26，2026-08-05)
GWAS/QTL/MAS 标记辅助选择	L4-2	§3.7	—	否	bre_gwas_result / bre_gwas_snp / bre_qtl / bre_mas_panel / bre_mas_panel_marker	✅落地(900214 GWAS/QTL 页翻转 + GLM+PC 关联扫描 + QTL 定位 + MAS 决策 hook，2026-08-04；EMMAX 混合模型 method=emmax 零模型 _profile_solve + eigh 对角化 + 逐标记 GLS、QTL×E 环境互作 分环境 GWAS 合并 stable/env-specific 计算端点不建表、MAS 面板语义 mode/favorable_allele/haplotype_group 五语义命中，gwas 1.1.0，2026-08-04；MABC 标记辅助回交 POST /statistics/mabc-progress——前景 MAS 命中（复用 _mas_hit_map 五语义、stage 无关童期可筛）+ 背景基因组恢复率（候选 vs 轮回亲本纯合剂量一致比例）+ _BC_LADDER 回交代建议，_DATA_VERSION v2.24，A–F 六缺口·批3，2026-08-05)
ML辅助/图像/LLM	L4-2/3	§6	—	否	(外部服务)	⏳待建

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二、各层模块级落位（2026-07-29 定稿）

• L0 系统底座：RBAC(✅) · 部门隔离 sys_dept=课题组(✅) · 数据字典(✅四类已灌) · 操作审计 sys_log(✅)+breeding_audit_log 切面(✅，2026-08-05) · 文件(✅) · 编号服务(✅ NumberGenService 原子取号，2026-08-05) · 定时任务(✅ ap_scheduler 3 系统 job，2026-08-05) · BrAPI 只读适配(✅)+MIAPPE 元数据模板(✅)，/brapi/v2 五端点，2026-08-05 · 性能(纯 numpy 引擎异步 job 队列，零 R，✅) · 备份容灾(PG 备份 pg_backup.sh+每日 02:00 job，✅，2026-08-05)。
• L1 基础数据：种质(✅)/性状字典(✅ 含抗病/需冷量 numeric 种子)/选择规则(✅)/基地(✅)/地块(✅)/人员(✅)/目标(✅)/系谱(✅ breeding_pedigree)。
• L2 育种流程：杂交/授粉/种子/育苗/定植/评价/单株/照片/选育(✅基础) + observation(✅ 900050)/field_operation(✅ 900051)/seed_lot(✅)/propagation(✅)/group(✅)/analysis_dataset(✅ 900070)/breeding_report(✅ 900075)/alert(✅ 超期预警)；数据接入=Excel 导入，一期先性状记录模板(yz.sql 蓝本)，余表分批。
• L3 统计决策：地基(统一视图/ MET/ 环境/ 系谱A/ 审计) + 计算(描述/ANOVA/相关PCA + 一期2个:配合力+EBV) + 决策(遗传力/指数/报告/预警,后续)。
• L4-2 分子层(V2.0)：marker / genotyping_dataset / genotype_sample / genotype_call 四表(✅数据能力：CRUD+VCF 导入+DNA 指纹防错+孟德尔/亲本一致性检验（子代 vs 声明亲本 union 规则、跨数据集亲本基因型解析、flag 阈值、incompatible_markers 明细，A–F 六缺口·批4，2026-08-05；落库+自动隔离——POST /genotype_call/mendelian/check/run 落 bre_mendelian_check+每树子表+bre_pedigree_exclusion 隔离注册表（flag→隔离、未 flag→清除可逆）、data_quality_report(dataset_id) mendelian 段、系谱消费方断开隔离树亲本链退化为 founder 表型保留，批5，v2.26，2026-08-05），2026-08-04) + GBLUP/ssGBLUP 引擎(✅：VanRaden G(method1/2)+MAF+blend 岭、单步法 H⁻¹=A⁻¹+[0,0;0,G⁻¹−A22⁻¹] 且 V 块用 H 协方差、run_gblup 样本 tree 直连/名称兜底、未映射+多等位跳过，2026-08-04) + GS 专用 k-fold 交叉验证(✅：genomic.kfold_cv_genomic 掩蔽留出 GEBV vs 表型实证 pearson/RMSE，KFCV/GBLUP·KFCV/ssGBLUP、固定种子随机分层、G/H/Hinv 只建一次，run_cv 加 dataset_id/method/maf_min，2026-08-04) + GWAS/QTL/MAS 闭环(✅：GLM+PC 关联扫描 + QTL 定位 + MAS 面板，bre_gwas_result/snp + bre_qtl + bre_mas_panel/marker 五新表，decision_preview marker 条件，900214 页翻转，2026-08-04)。
• L4-3 AI 前瞻(V4.0)：占位，触发细化=一期 Web 跑通真实数据 + 分子/统计数据到位。

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三、时间线统一（波次 ↔ 版本，2026-07-29 定稿）

版本	周期(估)	波次	交付
V0.5	0–2 周	0–1	底座 + 基础数据闭环 + 性状导入模板
V1.0	2–12 周	2–4	育种流程核心 + 统计地基 + 统计一期2个(EBV+配合力)
V1.1	12–18 周	4余+6部	遗传力/选择指数/EBV持久化 + 育种报告
V1.2	18–24 周	5部	移动端田间采集
V2.0	分子层	5深+§6(4.3–4.5)	分子四表 + GS/GWAS/GBLUP
V3.0	保护+互操作	§4(2.14–2.15)+§7(0.8)	DUS/登记 + BrAPI/MIAPPE
V4.0	AI 前瞻	§6(4.6–4.9)+图层	触发=一期跑通+分子/统计数据到位

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四、与三份文档关系

• 本文 = 统一映射总表，是模块级交叉引用的唯一真相。
• 业务背景/10阶段 SOP → 桃育种系统业务功能规划报告.md
• 顶层分层/波次/版本 → 桃育种系统功能规划（分层路线图）.md v1.1
• 字段级规格 → 桃育种系统模块扩展需求规格.md v2.11
• 统计引擎落地台账 → 桃育种系统统计引擎实施记录.md v1.5（2026-08-04，G×E 引擎 + 性状方向标注 + 花粉档案 §3.19 + 选择指数无性系级聚合 + 配合力交配设计 + 统计严谨·MLOps 复现性①Calo②PA③溯源④germplasm_id⑤砧木⑥空间竞争 + 组合得失漏斗 + 精修项四连发（DUS 数据能力三表 / stage 感知 / k-fold CV / 按 site 公平性报告）+ 十一、六项能力完善（MT-BLUP 遗传相关 / GBLUP-ssGBLUP 引擎 / DUS 特异性统计检验 / AMMI-FW 稳定性 / MLOps 重训回滚 / BLUP stage 拆分）+ 十二、田间试验精度补强·砧木×接穗随机互作 G×R（rootstock 第三随机效应槽，G×E 互斥，含探针验证与备份）+ 十三、十四（2026-08-04 前段）+ 十五、GWAS/QTL/MAS 标记辅助选择闭环（GLM+PC 求解器 / 5 新表 / gwas·qtl·mas-panel 端点 / decision_preview marker 条件 / 前端 900214 翻转 / 验证 7 段+回归零回归）+ 十六、九缺口补齐（经典侧计算端点 A5 数据质量/A3 遗传增益/A6 主动选配 + 分子侧严谨性 B1 EMMAX/B2 SSR 多等位虚拟编码/B3 QTL×E/B4 MAS 面板语义 + 求解器核心 A2 AR1×AR1 空间协方差/A7 稀疏 A⁻¹+共轭梯度+Hutchinson 可靠性，三批 e2e+回归全过）+ 十八、桃育种业务流全面完善（批A 业务数据链 A1-A6 / 批B 统计算法 B1-B4 / 批C 前端 C1-C4）+ §18.5 世代闭环修复（单株晋级落系谱）+ §18.6 近交惩罚静默关闭修复（亲缘多源解析）+ §18.7 EBV 回退方法学修复（direct 优先+子代测验降权+双侧去重）+ §18.8 数据质量离群值方向语义修复（同向=精英 / 反向=疑似录入错误）+ §18.9 ΔG 投影假设 + 工程健壮性打磨（note 假设声明 / spatial 缺坐标降级 / numpy 收敛向量化））
• 数据表脚本（含本表所有表的最新建表 SQL）→ backend/sql/breeding_tables.sql