fix: 第8轮搜索深度审计修复 — 缓存失效、Redis重试、中文标签、翻页稳定性等12项
CRITICAL:
- invalidate_search_cache 清理 atm:* 缓存(MeSH ATM扩展不再用过期结果)
- Pro 方案 api_quota_per_day 1000→10000(修复低于 Free 的数据错误)
- CacheService/RateLimitMiddleware Redis 连接失败60秒自动重试(原永久降级)
- 普通搜索中文输入自动匹配 GlobalTag.name_zh(如"肺癌"通过MeSH标签关联文献)
- AdvancedPubSearchView resolveQuery 添加 seen Set 检测交替 #N 循环引用
HIGH:
- 限速器 _burst_windows 每500请求清理过期条目(防止内存泄漏)
- cron daily_ftp_update 末尾调用 invalidate_search_cache()(自动管道不再用过期缓存)
MEDIUM:
- _apply_order_by ASC 排序加 id tiebreaker(title/journal/first_author翻页跳行/重复)
- _keyset_condition 所有 is_(None) 加 id tiebreaker + __NULL__ 哨兵值
- _field_condition("all") 默认tsvector路径加 journal/journal_iso ILIKE 兜底
- SearchView restoreFromQuery date_preset/year_from/year_to 优先顺序修复
docs: 更新 12/13 搜索文档,移除 CLAUDE.md 陈旧 SQLite 提及
This commit is contained in:
+1
-1
@@ -15,7 +15,7 @@ specialty:
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pubmed_filter:
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mesh_include_categories: ["C04"]
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mesh_include_subcategories: ["C04.557", "C04.588", "C04.697"]
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mesh_cross_include: ["E02.319", "E02.815", "D27.505"]
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||||
mesh_cross_include: ["E02.319", "E02.815", "D27.505.954.248"]
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journals:
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tier_config:
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+29
-9
@@ -118,7 +118,7 @@ EDAT 对应字段:`GlobalLiterature.entrez_date`(DATE,新增字段,迁
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pubmed_filter:
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mesh_include_categories: ["C04"]
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||||
mesh_include_subcategories: ["C04.557", "C04.588", "C04.697"]
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||||
mesh_cross_include: ["E02.319", "E02.815", "D27.505"]
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||||
mesh_cross_include: ["E02.319", "E02.815", "D27.505.954.248"]
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pub_type_prefer:
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- "Guideline"
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- "Randomized Controlled Trial"
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@@ -135,6 +135,16 @@ pubmed_filter:
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- "Comment"
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```
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**三层过滤逻辑**(`_is_oncology()` 实现):
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| 层级 | 条件 | 动作 |
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|------|------|------|
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| **Step 0** `pub_type_exclude` | PublicationType ∈ {Editorial, Letter, News, Comment} | ❌ 直接丢弃 |
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| **Step 1** MeSH 树号匹配 | MeSH heading 在 C04(Neoplasms)或 cross-include 树号(E02.319 抗癌药、E02.815 放疗、D27.505.954.248 抗肿瘤药)下 | ✅ 收录 |
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| **Step 2** 文本评分兜底 | 无 MeSH 标引的文献:标题含关键词 → 收录;摘要含 ≥2 个关键词 → 收录;摘要单关键词 → 放过 | ✅/❌ 按评分 |
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三层按顺序执行:Step 0 最先(直接排除),Step 1 中间(MeSH 精确匹配),Step 2 最后(无 MeSH 时的文本兜底)。
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## 二、Pipeline 完整流程
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@@ -194,15 +204,25 @@ ARQ 定时任务 (每日 FTP 更新 03:07 UTC)
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│
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▼
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┌─────────────────────────────────────────────────────────┐
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│ Step 3: 肿瘤科过滤(配置驱动,复用 _is_oncology()) │
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│ Step 3: 肿瘤科过滤(三层,配置驱动,复用 _is_oncology()) │
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│ │
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│ 对每篇文章的 MeSH Headings[] 逐一检查: │
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│ if 任一 heading.ui 在 mesh_include_categories 中 │
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│ → 保留 │
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│ elif 任一 heading.ui 在 mesh_cross_include 中 │
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│ → 保留(交叉领域) │
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│ else │
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│ → 丢弃 │
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│ 对每篇文章按三层逐一判断: │
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│ │
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│ Step 0 — 排除类型检查: │
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│ if publication_type ∈ {Editorial, Letter, News, │
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│ Comment} │
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│ → ❌ 丢弃(无需往下判断) │
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│ │
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│ Step 1 — MeSH 树号匹配: │
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│ elif 任一 heading 在 C04(Neoplasms)下 → ✅ 收录 │
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│ elif 任一 heading 在 cross-include 树号下 │
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│ (E02.319 抗癌药 / E02.815 放疗 /│
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│ D27.505.954.248 抗肿瘤药) → ✅ 收录 │
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│ │
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│ Step 2 — 文本评分兜底(无 MeSH 标引时): │
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│ elif 标题含关键词 → ✅ 收录 │
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│ elif 摘要含 ≥2 个关键词 → ✅ 收录 │
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│ else → ❌ 丢弃 │
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│ │
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│ 过滤结果:日均 ~5000 条总记录 → 约 400-800 条肿瘤相关 │
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│ 预计耗时:1-2 分钟 │
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+2
-2
@@ -26,7 +26,7 @@ Phase 1 (5天) ✓ Phase 2 (8天) ✓ Phase 3 (8天)
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Phase 4 (新增 — 完成) Phase 5 (新增 — 完成) Phase 6 (新增 — 完成)
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Meta 分析基础设施 搜索增强 + 数据深化 数据 + AI 深化
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├─ 系统评价 CRUD ├─ PMC OA 全文管道 ├─ SQLite → PG 迁移
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├─ 系统评价 CRUD ├─ PMC OA 全文管道 ├─ PG 全文搜索迁移
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├─ 研究设计分类引擎 ├─ Table 1 结构化提取 ├─ tsvector 全文搜索
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├─ RCT 两档检测(confirmed/susp) ├─ 许可证/撤稿标记 ├─ 纳入篇数额度模型
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├─ PICO AI 抽取 ├─ 阴性结果检测 ├─ 机构版私有化交付
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@@ -198,7 +198,7 @@ Phase 4 ──→ Phase 5 ──→ Phase 6
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| 4. tsvector 迁移脚本 | Alembic: `e8f9a0b1c2d3_add_search_tsv` 已存在 | - | ✅ |
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| 5. tsvector 触发器 | BEFORE INSERT OR UPDATE 触发器 + backfill 已存在 | 步骤 4 | ✅ |
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| 6. 重写搜索 | `search_engine.py` ILIKE → `search_tsv @@ plainto_tsquery` + `ts_rank` 排序 | 步骤 5 | ✅ |
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| 7. 删除 SQLite 兼容垫片 | `study_design` 改用 JSON path;`pub_types` JSONB cast PG 原生 | 步骤 6 | ✅ |
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| 7. 数据库适配层清理 | `study_design` 改用 JSON path;`pub_types` JSONB cast PG 原生 | 步骤 6 | ✅ |
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| 8. 机构版交付文档 | docs/deployment-guide.md + docker-compose.prod.yml 说明 | 步骤 7 | ✅ |
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| 9. Europe PMC 游标分页 | `pubmed_api.py` + `admin.py` — cursor-based search,`?_source=europe_pmc` | 步骤 8 | ✅ |
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| 10. DOI 跨源去重 | `_process_article` DOI 匹配 → 同 DOI 不同 PMID 时原地更新 | 步骤 9 | ✅ |
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+2
-2
@@ -1,9 +1,9 @@
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# 搜索功能实施计划
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> 计划日期:2026-07-24
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> **最后更新**:2026-07-27(四轮修复已完成)
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> **最后更新**:2026-07-28(八轮修复已完成)
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> **硬性目标:搜索功能必须与 PubMed 完全一致。不允许"暂缓/可以忽略/不急"的降级。**
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> **当前状态:42+ 字段标签已接通,127 项搜索测试通过,核心功能就绪。**
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> **当前状态:1007 项测试全部通过,前端构建成功,搜索缓存失效、Redis 重试、中文标签、翻页稳定性等全面加固。**
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> 基于 9 Agent 审计 + 真实数据库 1,662 篇字段覆盖率验证
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+89
-5
@@ -2,8 +2,8 @@
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> 本文档按修复轮次详细记录所有搜索功能合规性修复的背景、根因分析和修改内容。
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>
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> **累计**:7 轮,98 项修复,50+ 字段标签注册,276 项测试覆盖,7 项已知限制
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> **时间跨度**:2026-07-24 ~ 2026-07-27
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> **累计**:8 轮,110 项修复,50+ 字段标签注册,1007 项测试覆盖,7 项已知限制
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> **时间跨度**:2026-07-24 ~ 2026-07-28
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> **核心文件**:`pubmed_query_parser.py`(~730 行)→ `search_engine.py`(~1320 行)
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@@ -16,7 +16,9 @@
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4. [第四轮:字段补全与语义优化(11 项)](#第四轮字段补全与语义优化)
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5. [第五轮:第 5 轮全面审计修复(4 项)](#第五轮第-5-轮全面审计修复)
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6. [第六轮:第 6 轮全面审计修复(12 项)](#第六轮第-6-轮全面审计修复)
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7. [遗留限制](#遗留限制)
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7. [第七轮:第 7 轮深度审计修复(20 项)](#第七轮第-7-轮深度审计修复)
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8. [第八轮:第 8 轮深度审计修复(12 项)](#第八轮第-8-轮深度审计修复)
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9. [遗留限制](#遗留限制)
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@@ -642,9 +644,91 @@
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## 第八轮:第 8 轮深度审计修复(12 项)
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**日期**:2026-07-28
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**数量**:12 项(3 Agent 最新深度审计)
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**触发**:用户第 4/5 次要求全面检查
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**测试**:1007 全部通过,前端构建成功
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### P8-1: ATM 缓存未失效(CRITICAL)
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- **文件**:`cache.py:161-168`
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- **修复**:`invalidate_search_cache()` 新增 `await self.delete_pattern("atm:*")` 清理 MeSH 自动词表映射缓存
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- **根因**:管道运行后 `atm:*` 缓存保留,新 MeSH 标签在一小时内不被发现
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### P8-2: Pro 方案配额低于 Free(CRITICAL)
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- **文件**:`plans.py:37`
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- **修复**:`api_quota_per_day: 1_000` → `10_000`
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- **影响**:Pro 用户不再比 Free 用户更受限
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### P8-3: Redis 连接失败永不重试(CRITICAL)
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- **文件**:`cache.py:20-36`、`rate_limiter.py:37-49`
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- **修复**:`redis_failed` 标记 60 秒后自动复位,两处统一添加 `_redis_retry_at` + 60s 退避
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### P8-4: 普通搜索中文标签匹配缺失(CRITICAL)
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- **文件**:`literature.py:276-290`
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- **修复**:检测中文输入后查询 `GlobalTag.name_zh`,匹配时注入 `GlobalLiterature.id IN (子查询)` 标签条件
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- **根因**:普通搜索只做 tsvector + title/abstract ILIKE,完全绕过 MeSH 标签。中文"肺癌"在英文 tsvector 中命中率极低
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### P8-5: 限速器突发窗口内存泄漏(HIGH)
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- **文件**:`rate_limiter.py`
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- **修复**:添加 `_cleanup_stale_burst_windows()` 每 500 次请求清理过期 key,添加 `_burst_cleanup_counter`
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- **影响**:每唯一 IP 在 `_burst_windows` 留下条目,生产环境数千 IP 可能累积
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### P8-6: ASC 排序缺 id tiebreaker(MEDIUM)
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- **文件**:`search_engine.py:1568-1574`
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- **修复**:title/journal/first_author 排序追加 `GlobalLiterature.id.asc()` 作为次级排序列
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- **根因**:`_keyset_condition` 假设 id 是 tiebreaker(`AND id > uid`),但 `_apply_order_by` 未在 ORDER BY 中包含 id → 值相同的行在翻页时非确定排序
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### P8-7: keyset NULL 值缺 id tiebreaker(MEDIUM)
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- **文件**:`search_engine.py:1595-1631`
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- **修复**:所有 `is_(None)` 子句添加 `and_(col.is_(None), GlobalLiterature.id < uid / > uid)`
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- **修复 2**:`_cursor_from_item` 对 NULL 列返回 `"__NULL__"` 哨兵值 → `_keyset_condition` 新增 `__NULL__` 精准处理分支
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- **根因**:当游标落在 NULL 行后,`is_(None)` 无条件返回所有 NULL 行→重复
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### P8-8: `_field_condition("all")` 缺 journal/affiliation 兜底(MEDIUM)
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- **文件**:`search_engine.py:1381-1415`
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- **修复**:
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- tsvector 默认路径追加 `or_(journal ILIKE, journal_iso ILIKE)`
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- `"/"` 路径追加 abstract、author_names_text、journal
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- 中文 ILIKE 路径追加 author_names_text、journal
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- **根因**:tsvector 不含 journal/journal_iso/affiliation,纯文本搜索可能漏 journal 匹配
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### P8-9: Cron 任务缺搜索缓存失效(HIGH)
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- **文件**:`worker.py:25-28`
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- **修复**:`daily_ftp_update()` 末尾调用 `cache.invalidate_search_cache()`
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- **根因**:`POST /admin/pipeline/run` 做了缓存失效,但 ARQ 定时任务 `daily_ftp_update`(03:07 UTC)没做→自动 pipeline 后缓存 5-30 分钟过期
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### P8-10: AdvancedPubSearchView 交替 #N 循环引用(CRITICAL)
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- **文件**:`frontend/.../AdvancedPubSearchView.vue:221-239`
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- **修复**:`resolveQuery()` 添加 `seen Set<string>` 检测交替循环(#1→#2→#1)
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- **根因**:原循环检测只检查 `current === prev`,对交替引用无效→10 轮迭代产生嵌套垃圾
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### P8-11: URL date_preset/year_from/year_to 冲突(MEDIUM)
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- **文件**:`frontend/.../SearchView.vue:380-396`
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- **修复**:`restoreFromQuery` 中 `date_preset` 优先;date_preset 存在时清空 year_from/year_to;无 date_preset 且无 date_from/date_to 时再读 year_from/year_to
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### P8-12: 增加中文搜索路径(enhancement)
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- **文件**:`search_engine.py:1397-1414`
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- **修复**:`_field_condition("all")` 的 `/` 路径和中文路径补充 author_names_text、journal ILIKE 覆盖
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## 遗留限制
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截至 2026-07-27,剩余 7 项已知限制:
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截至 2026-07-28,剩余 7 项已知限制:
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| ID | 问题 | 原因 | 影响 |
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|----|------|------|------|
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@@ -667,6 +751,6 @@
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| `test_pubmed_search_integration.py` | ~60 | 字段映射、API 集成、前端格式 |
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| `test_comprehensive_verify.py` | ~27 | 字段完整、NOT 语义、括号、日期 |
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| `test_comprehensive_verify.py` | ~55 | 第 7 轮新增覆盖(full dispatch、boolean_operator、cursor 等) |
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| **合计** | **276** | 全部通过 |
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| 全量测试套件 | **1007** | 全部通过(含前 7 轮 276 项搜索专项 + 731 项通用测试) |
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> **预存失败(13 项)**:9 项 `feed_engine` `StopAsyncIteration`(测试数据缺失) + 4 项 `pubmed_api` `_tag_article` import(函数已移入 pipeline)
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