checkpoint: real-scale 数据链 + 统计引擎 + ABLUP 稀疏性能修复

init 后首次落盘，累计工作：
- 数据侧：simulate_breeding_data real-scale 3.5万树重建 + 分层观测
- 引擎侧：ABLUP 稀疏生产档 EM-REML（blup 1.6.0/1.7.0）；性能倒挂修复——
  系谱闭包收口为 BFS 可达祖先 + N_EXACT 3000 对齐 N_SUBSAMPLE（选中 200~3000 树
  不再顶进数小时精确迹尾），A/B 数值等价实证 + 守卫探针
- 前端：观测过滤 + 表单/HTTP 工具链完善
- 文档：业务链/观测梳理 + 引擎实施记录 + 规划对照总表
- gitignore：排除 Temp/调试脚本/一次性验证输出

.gitignore

@@ -89,6 +89,13 @@ dump.rdb
 "-w"
 "]"
 
+# 临时/调试脚本与一次性验证输出（不进版本库）
+backend/scripts/_tmp_*.py
+backend/scripts/_apply_trait_seed_sql.py
+backend/scripts/breeding_stats/_debug_*.py
+backend/scripts/breeding_stats/_sparse_golden_check.py
+backend/scripts/breeding_stats/_golden_out.txt
+
 # 本地二进制/运行环境（不提交）
 redis/
 backend/.venv.broken/