checkpoint: real-scale 数据链 + 统计引擎 + ABLUP 稀疏性能修复

init 后首次落盘，累计工作：
- 数据侧：simulate_breeding_data real-scale 3.5万树重建 + 分层观测
- 引擎侧：ABLUP 稀疏生产档 EM-REML（blup 1.6.0/1.7.0）；性能倒挂修复——
  系谱闭包收口为 BFS 可达祖先 + N_EXACT 3000 对齐 N_SUBSAMPLE（选中 200~3000 树
  不再顶进数小时精确迹尾），A/B 数值等价实证 + 守卫探针
- 前端：观测过滤 + 表单/HTTP 工具链完善
- 文档：业务链/观测梳理 + 引擎实施记录 + 规划对照总表
- gitignore：排除 Temp/调试脚本/一次性验证输出

doc/桃育种系统统计引擎实施记录.md

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 # 桃育种系统 · 统计引擎实施记录
 
 > **版本**：v1.4（2026-08-04 追加统计严谨·预测完整性与 MLOps 复现性：PA 落库 / 溯源 / germplasm_id 填充 / 砧木扩列 / Calo 相关校正 / 空间竞争协变量 + 组合得失漏斗）
-> **定位**：记录统计引擎多轮 P0/P1 落地 + 田间刚需（花粉档案）+ 决策正确性（无性系级指数）+ 统计严谨（配合力交配设计 / 相关校正 / 空间竞争）+ MLOps 复现性 + 组合得失漏斗的实现、验证与文件清单——**G×E 交互引擎**（2026-08-03）、**性状方向标注**（2026-08-04）、**花粉档案**（2026-08-04）、**无性系级指数**（2026-08-04）、**配合力交配设计**（2026-08-04）、**统计严谨·MLOps 复现性**（2026-08-04，①Calo②PA③溯源④germplasm_id⑤砧木⑥空间竞争）与**组合得失漏斗**（2026-08-04，⑧ v_combination_funnel）。本文档为持续追加的落地台账，与规格文档 `桃育种系统模块扩展需求规格.md`（v2.10）配套；规格管"应该长什么样"，本文管"实际落地了什么、怎么验证的"。
-> **相关探针**：`Temp/claude/e2e_gxe_20260803.py`（G×E，5 场景）· `Temp/claude/e2e_direction_20260804.py`（方向标注，7 组）· `Temp/claude/e2e_pollen_20260804.py`（花粉档案）· `Temp/claude/e2e_clone_index_20260804.py`（无性系级指数，6 组）· `Temp/claude/e2e_combining_design_20260804.py`（配合力交配设计，5 组）· `Temp/claude/e2e_prediction_rigor_20260804.py`（②③④，4 组）· `Temp/claude/e2e_rootstock_20260804.py`（⑤）· `Temp/claude/e2e_corr_spatial_20260804.py`（①⑥，3 组）· `Temp/claude/e2e_combination_funnel_20260804.py`（组合得失漏斗，3 组）。
+> **定位**：记录统计引擎多轮 P0/P1 落地 + 田间刚需（花粉档案）+ 决策正确性（无性系级指数）+ 统计严谨（配合力交配设计 / 相关校正 / 空间竞争）+ MLOps 复现性 + 组合得失漏斗的实现、验证与文件清单——**G×E 交互引擎**（2026-08-03）、**性状方向标注**（2026-08-04）、**花粉档案**（2026-08-04）、**无性系级指数**（2026-08-04）、**配合力交配设计**（2026-08-04）、**统计严谨·MLOps 复现性**（2026-08-04，①Calo②PA③溯源④germplasm_id⑤砧木⑥空间竞争）与**组合得失漏斗**（2026-08-04，⑧ v_combination_funnel）。本文档为持续追加的落地台账，与规格文档 `桃育种系统模块扩展需求规格.md`（v2.10）配套；规格管"应该长什么样"，本文管"实际落地了什么、怎么验证的"。 配套《桃育种系统业务链路与数据模型说明书》v1.1（2026-08-06 重生成，已同步 O1 花期数据消费补强 / N4 plan→trial→target 血缘 / 亲本校验 / 世代闭环落库 / 新增 §九 QA 与 CI 章节）与代码保持一致，三者（规格 + 实施记录 + 说明书）互为索引。
+> **相关探针**：`Temp/claude/e2e_gxe_20260803.py`（G×E，5 场景）· `Temp/claude/e2e_direction_20260804.py`（方向标注，7 组）· `Temp/claude/e2e_pollen_20260804.py`（花粉档案）· `Temp/claude/e2e_clone_index_20260804.py`（无性系级指数，6 组）· `Temp/claude/e2e_combining_design_20260804.py`（配合力交配设计，5 组）· `Temp/claude/e2e_prediction_rigor_20260804.py`（②③④，4 组）· `Temp/claude/e2e_rootstock_20260804.py`（⑤）· `Temp/claude/e2e_corr_spatial_20260804.py`（①⑥，3 组）· `Temp/claude/e2e_combination_funnel_20260804.py`（组合得失漏斗，3 组）。 · `Temp/claude/e2e_o1_bloom_20260805.py`（O1 花期数据消费补强：四态软警示 + 窗口覆盖三态 + 库存五态 + 反向门禁，4 组）
 
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