34047007@qq.com 41b83e3a64
CI / backend (push) Waiting to run
CI / frontend (push) Waiting to run
fix: 批次1爆盘根因 — alembic 独立事务 + 5日期字段合并单条ALTER
生产 123 万行表(9.8GB)跑批次1时磁盘满回滚(2026-08-10)。
根因二:① alembic 无 transaction_per_migration,批次1的 01+02+03 全在一个
事务,JSON→JSONB 重写空间不释放、与后续重写叠加;② 1421ea169bb6 循环逐个
ALTER 5 个日期字段 = 5 次整表重写,同一事务累积。
修复:alembic.ini 开启 transaction_per_migration(每迁移独立提交,前序空间
释放);1421ea169bb6 合并 5 列为单条 ALTER(一次重写)。
本地 DB 已在 head 不受影响,heads 仍单一头 55105f0bb1d7。
2026-08-10 06:06:41 +08:00

SciLit Oncology — 肿瘤科文献管理平台

快速启动

# 1. 启动所有服务
docker compose up -d

# 2. 初始化数据库(首次)
docker compose exec backend alembic upgrade head

# 3. 访问
# 前端: http://localhost:5173
# 后端 API: http://localhost:8000/docs
# MinIO 控制台: http://localhost:9001 (minioadmin/minioadmin)

项目结构

backend/
├── app/
│   ├── main.py              # FastAPI 入口
│   ├── config.py            # 配置
│   ├── db.py                # 数据库连接
│   ├── core/                # 核心:安全、权限、多租户中间件
│   ├── models/              # SQLAlchemy 模型 (32 张表)
│   ├── schemas/             # Pydantic 请求/响应
│   ├── api/v1/              # REST API 端点
│   └── tasks/               # ARQ 异步任务 (PubMed 管道)
├── alembic/                 # 数据库迁移
└── config/specialties/      # 科室配置 (oncology.yaml)

frontend/
├── src/
│   ├── views/public/        # 公开页面 (无需登录)
│   ├── views/auth/          # 登录/注册
│   ├── views/app/           # 已登录应用页面
│   ├── stores/              # Pinia 状态管理
│   ├── api/                 # Axios 封装
│   └── router/              # Vue Router

docs/                        # 完整设计文档 (9 份)

技术栈

  • 后端: FastAPI + SQLAlchemy 2.0 (async) + PostgreSQL 16 + Redis + Elasticsearch
  • 前端: Vue 3 + Naive UI + Pinia + Vite
  • 任务队列: ARQ
  • 文件存储: MinIO / S3
  • 多租户: PostgreSQL RLS + ContextVar 双层隔离

文档

详细的产品规划、数据库设计、标签体系、数据管道、UI 设计见 docs/ 目录。

S
Description
SciLit Backend - Oncology Literature Platform
Readme
145 MiB
Languages
Python 69%
Vue 26%
TypeScript 2.8%
Shell 1.8%
PLpgSQL 0.2%
Other 0.1%