34047007@qq.com 723c4fc5c9
CI / backend (push) Canceled after 0s
CI / frontend (push) Canceled after 0s
fix: PubMed搜索合规 — 34项修复 + query_expansion UnboundLocalError + HomeView precision_mode残留
Batch1 — 解析器 (pubmed_query_parser.py)
- P0-1: 未知字段标签降级为 WORD token 而非 ParseError
- P2-1: 增加未消费 token 检查
- P2-2: PRISMA 字段标签正则 [\w:+] → [\w:]+
- P2-3: Unicode NFKC 规格化输入
- P2-4: re.ASCII 防止 Unicode 数字匹配
- P2-9: 移除重复 dataclass 字段

Batch2 — 搜索引擎 (search_engine.py)
- P1-1: 批量 PMID 查询替代 N+1 循环
- P1-2: isdigit() → isdecimal()
- P1-5: 移除 precision_mode 参数
- P2-5: 移除死代码
- P2-6: 统一 _CHINESE_RE 正则

Batch3 — ATM 引擎 (query_expansion.py)
- P0-4: name_zh ILIKE 中文回退 + _find_mesh_tags 中文降级
- P1-3: name_en ILIKE 加 LIMIT 100

Batch4 — API 层 (features.py)
- P1-5: 移除 precision_mode 请求字段
- P1-11: 增加 logging
- P2-8: NLM_SUBSET_LABELS f-string 安全注释
- P2-12: split 校验器近似性注释

Batch5 — SearchView.vue
- P0-5a/b/c: 日期修复(UTC 方法、互斥逻辑、restoreFromQuery 合并)
- P2-10: 筛选模态关闭时重搜
- P3-1: 搜索框 aria-label

Batch6 — HomeView.vue
- P1-10: URL date → date_from/date_to
- P2-11: clearSearch 清空 feedItems 并重加载

Batch7 — LiteratureCard.vue
- P1-6: 字段标签正则 [\w-]+ → [\w:-]+
- P1-7: terms 切片限制 20 项防 ReDoS

后修复:
- query_expansion.py _find_partial_mesh_tags UnboundLocalError(单非中文词未初始化 tag_ids)
- HomeView.vue handleAdvancedSearch precision_mode 残留引用
2026-07-27 09:45:17 +08:00

SciLit Oncology — 肿瘤科文献管理平台

快速启动

# 1. 启动所有服务
docker compose up -d

# 2. 初始化数据库(首次)
docker compose exec backend alembic upgrade head

# 3. 访问
# 前端: http://localhost:5173
# 后端 API: http://localhost:8000/docs
# MinIO 控制台: http://localhost:9001 (minioadmin/minioadmin)

项目结构

backend/
├── app/
│   ├── main.py              # FastAPI 入口
│   ├── config.py            # 配置
│   ├── db.py                # 数据库连接
│   ├── core/                # 核心:安全、权限、多租户中间件
│   ├── models/              # SQLAlchemy 模型 (32 张表)
│   ├── schemas/             # Pydantic 请求/响应
│   ├── api/v1/              # REST API 端点
│   └── tasks/               # ARQ 异步任务 (PubMed 管道)
├── alembic/                 # 数据库迁移
└── config/specialties/      # 科室配置 (oncology.yaml)

frontend/
├── src/
│   ├── views/public/        # 公开页面 (无需登录)
│   ├── views/auth/          # 登录/注册
│   ├── views/app/           # 已登录应用页面
│   ├── stores/              # Pinia 状态管理
│   ├── api/                 # Axios 封装
│   └── router/              # Vue Router

docs/                        # 完整设计文档 (9 份)

技术栈

  • 后端: FastAPI + SQLAlchemy 2.0 (async) + PostgreSQL 16 + Redis + Elasticsearch
  • 前端: Vue 3 + Naive UI + Pinia + Vite
  • 任务队列: ARQ
  • 文件存储: MinIO / S3
  • 多租户: PostgreSQL RLS + ContextVar 双层隔离

文档

详细的产品规划、数据库设计、标签体系、数据管道、UI 设计见 docs/ 目录。

S
Description
SciLit Backend - Oncology Literature Platform
Readme
144 MiB
Languages
Python 69.4%
Vue 26.2%
TypeScript 2.8%
Shell 1.1%
PLpgSQL 0.2%
Other 0.2%