34047007@qq.com cb4cb0d178
CI / backend (push) Waiting to run
CI / frontend (push) Waiting to run
fix: backfill_affiliations 游标修复 + recent-first 回填
- ctid 游标:asyncpg 的 tid 编解码器只接受 (page, offset) 元组,直接绑
  'ctid::text' 字符串到 $n::tid 会报 "list or tuple expected"(容器 crash 根因)。
  解析 'ctid::text' → 元组后绑定,本地真实库 6 万行验证通过
- 默认改 recent-first 游标:按 (pub_date DESC NULLS LAST, id DESC) keyset 推进
  (走 ix_gl_pub_date_sort 索引,谓词复用 search_engine._keyset_condition 的
  date 分支),最新文献先回填——affiliation 搜索对近期文献先恢复可用,
  而非等全量 ~10 小时(表 FILLFACTOR=100 页满 → 非 HOT → 35 索引 fan-out,
  单索引删除不改善,仅改善顺序不缩短总时长)
- --physical 保留原 ctid 游标作回退;本地真实库 3 批 6 万行验证倒序 + 无崩溃
2026-08-10 23:17:47 +08:00

SciLit Oncology — 肿瘤科文献管理平台

快速启动

# 1. 启动所有服务
docker compose up -d

# 2. 初始化数据库(首次)
docker compose exec backend alembic upgrade head

# 3. 访问
# 前端: http://localhost:5173
# 后端 API: http://localhost:8000/docs
# MinIO 控制台: http://localhost:9001 (minioadmin/minioadmin)

项目结构

backend/
├── app/
│   ├── main.py              # FastAPI 入口
│   ├── config.py            # 配置
│   ├── db.py                # 数据库连接
│   ├── core/                # 核心:安全、权限、多租户中间件
│   ├── models/              # SQLAlchemy 模型 (32 张表)
│   ├── schemas/             # Pydantic 请求/响应
│   ├── api/v1/              # REST API 端点
│   └── tasks/               # ARQ 异步任务 (PubMed 管道)
├── alembic/                 # 数据库迁移
└── config/specialties/      # 科室配置 (oncology.yaml)

frontend/
├── src/
│   ├── views/public/        # 公开页面 (无需登录)
│   ├── views/auth/          # 登录/注册
│   ├── views/app/           # 已登录应用页面
│   ├── stores/              # Pinia 状态管理
│   ├── api/                 # Axios 封装
│   └── router/              # Vue Router

docs/                        # 完整设计文档 (9 份)

技术栈

  • 后端: FastAPI + SQLAlchemy 2.0 (async) + PostgreSQL 16 + Redis + Elasticsearch
  • 前端: Vue 3 + Naive UI + Pinia + Vite
  • 任务队列: ARQ
  • 文件存储: MinIO / S3
  • 多租户: PostgreSQL RLS + ContextVar 双层隔离

文档

详细的产品规划、数据库设计、标签体系、数据管道、UI 设计见 docs/ 目录。

S
Description
SciLit Backend - Oncology Literature Platform
Readme
145 MiB
Languages
Python 69.1%
Vue 25.7%
TypeScript 2.8%
Shell 1.9%
PLpgSQL 0.2%
Other 0.1%