34047007@qq.com e688241355
CI / backend (push) Canceled after 0s
CI / frontend (push) Canceled after 0s
fix: 第二轮PubMed搜索合规审计 — 8项修复 + 6项新测试
F1: search_engine.py `_pubmed_conditions` 顶层 [MH:noexp] 丢失 _noexp 标志
    按 _noexp 分组 mesh_terms,分别调用 _expand_mesh_tag_ids(noexp=True/False)

F2: search_engine.py 组内 NOT 违反 De Morgan 律
    全组 is_not=True 时单 NOT 包裹组合条件而非 per-term not_()

F3: pubmed_query_parser.py `_parse_not_expr` 不支持重复 NOT
    改为递归调用,NOT NOT toggle is_not(三重 NOT 正确)

F4: SearchView.vue Custom Range datePreset 不发送日期参数
    增加 datePreset === 'custom' 分支发送 year_from/year_to

F5: HomeView.vue restoreFromUrl 恢复不全
    补全 sort/field/retracted/negative_result

F6: AdvancedSearchPanel.vue precision_mode 死控件移除(UI+emit+reset)
    types/index.ts precision_mode 死类型字段移除

F7: types/index.ts is_oa 标记为 unused, reserved

F8: search_engine.py `_expand_mesh_tag_ids` N+1 → 2 批量查询
    所有 entry_terms 和 name_en 分别合并为 OR 查询

测试: 新增 NOT NOT/triple NOT/NOT group/DM:noexp 顶层 共 7 项
2026-07-27 10:30:40 +08:00

SciLit Oncology — 肿瘤科文献管理平台

快速启动

# 1. 启动所有服务
docker compose up -d

# 2. 初始化数据库(首次)
docker compose exec backend alembic upgrade head

# 3. 访问
# 前端: http://localhost:5173
# 后端 API: http://localhost:8000/docs
# MinIO 控制台: http://localhost:9001 (minioadmin/minioadmin)

项目结构

backend/
├── app/
│   ├── main.py              # FastAPI 入口
│   ├── config.py            # 配置
│   ├── db.py                # 数据库连接
│   ├── core/                # 核心:安全、权限、多租户中间件
│   ├── models/              # SQLAlchemy 模型 (32 张表)
│   ├── schemas/             # Pydantic 请求/响应
│   ├── api/v1/              # REST API 端点
│   └── tasks/               # ARQ 异步任务 (PubMed 管道)
├── alembic/                 # 数据库迁移
└── config/specialties/      # 科室配置 (oncology.yaml)

frontend/
├── src/
│   ├── views/public/        # 公开页面 (无需登录)
│   ├── views/auth/          # 登录/注册
│   ├── views/app/           # 已登录应用页面
│   ├── stores/              # Pinia 状态管理
│   ├── api/                 # Axios 封装
│   └── router/              # Vue Router

docs/                        # 完整设计文档 (9 份)

技术栈

  • 后端: FastAPI + SQLAlchemy 2.0 (async) + PostgreSQL 16 + Redis + Elasticsearch
  • 前端: Vue 3 + Naive UI + Pinia + Vite
  • 任务队列: ARQ
  • 文件存储: MinIO / S3
  • 多租户: PostgreSQL RLS + ContextVar 双层隔离

文档

详细的产品规划、数据库设计、标签体系、数据管道、UI 设计见 docs/ 目录。

S
Description
SciLit Backend - Oncology Literature Platform
Readme
144 MiB
Languages
Python 69.3%
Vue 26.1%
TypeScript 2.8%
Shell 1.3%
PLpgSQL 0.2%
Other 0.1%